你可以先将矩阵值存储到一个 Dataframe 中。您可以使用函数c(matrix1)将矩阵转换为向量，然后将此向量存储到 Dataframe 中。
然后，您可以绘制每个dataframe新变量相互之间的关系。

### Import library
library(ggplot2)

### Simulating data
df <- data.frame(
  coordinate=c("AA", "AB", "AC", "AD", 
               "BA", "BB", "BC", "BD", 
               "CA", "CB", "CC", "CD",
               "DA", "DB", "DC", "DD"),
  matrix1=c(1, 2, 3, 4, 2, 1, 7, 8, 3, 7, 1, 9, 4, 8, 9, 1),
  matrix2=c(1, 12, 13, 14, 12, 1, 17, 18, 13, 17, 1, 19, 14, 18, 19, 1))

### Display plot
ggplot(data=df, aes(x=matrix1, y=matrix2)) + 
  geom_point()  + 
  geom_line() + 
  scale_x_continuous(limits=c(0, 20), breaks=seq(0, 20, 1)) + 
  scale_y_continuous(limits=c(0, 20), breaks=seq(0, 20, 1))

有时连接点没有意义，如果是这样，您可以删除geom_line()行。

在第二个问题之后，如果你想添加标签，你有很多选择。您可以使用以下代码找到两个选项，要么使用ggrepel库中的geom_text_repel，要么使用ggplot2库中的geom_text，在ggplot2库中使用width和height参数。

### Update group of labels with the same coordinates
df$matrixboth <- paste(df$matrix1, df$matrix2)

### Display plot
ggplot(data=df, aes(x=matrix1, y=matrix2, label=coordinate)) + 
  geom_point()  + 
  geom_line(color="#6aa6e7", size=1) + 
  scale_x_continuous(limits=c(0, 20), breaks=seq(0, 20, 1)) + 
  scale_y_continuous(limits=c(0, 20), breaks=seq(0, 20, 1)) + 
  # geom_text(position=position_jitter(width=0.6, height=0.6, aes(color=matrixboth)) + 
  ggrepel::geom_text_repel(aes(label=coordinate, color=matrixboth)) + 
  theme(legend.position="none")

geom_text_repel

geom_text