parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y

使用带有-j选项的GNUmake，将R脚本中的__CHROM__替换为染色体名称。

chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

define method1

$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R
    cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > $$@

endef

all: $(addsuffix .out,$(chroms))

$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C) )))

Rstudio有一种非常可靠、简单和直观的方式来运行并行脚本，称为后台作业。下面的link解释了如何使用它，但总的来说，每次你运行一个脚本，它都是并行运行的，使用多个内核，而且通常运行得更快（如果CPU和RAM不是超级忙碌的话）。有两种方法可以使用后台作业，手动和脚本：
1.手动方式：你只需打开 * 后台作业 * 并选择脚本和工作目录。然后，您可以选择是否保存全局环境。如果您的脚本已经将对象导出或保存在本地，则不必担心。例如，您可以使用染色体1到7运行脚本，然后将值从8更改为15保存脚本并运行后台作业，第三个脚本从16更改为22。这样你就可以并行运行它，但请检查CPU或RAM不要运行在太接近100%的值。
1.脚本的方式：你可以使用JobRunScript来创建带有代码的后台作业。因此，您可以从脚本中自动执行所需的更改。