尝试添加大括号：

shell_exec("(command1 | command2)");

PHP文档中有一个注解，它使用popen执行一些I/O重定向。

尝试disabling safe mode。

shell_exec()：

注意：PHP在 * 安全模式 * 下运行**时，关闭此功能。

system()：

注意：开启 * 安全模式 * 时，只能执行safe_mode_exec_dir内的文件。出于实际原因，目前不允许在可执行文件的路径中包含..组件。
警告：启用 * 安全模式 * 后，命令字符串将使用escapeshellcmd()进行转义。因此，echo y | echo x变为echo y \| echo x。

尝试禁用安全模式。
安全模式将在PHP 6.0.0中删除。
已从Php.ini中删除

这个答案对我帮助很大。尝试添加括号：

shell_exec("(command1 | command2)");

PHP文档中有一条注解，它使用popen执行一些I/O重定向：

shell_exec("(openssl s_client -servername {$domain_name} -connect {$domain_name}:443 2>/dev/null | openssl x509 -noout -enddate | grep notAfter | sed -e s#notAfter=##)");

只需将其 Package 在另一个命令中：

shell_exec( 'cmd /c "command1 | command2"' );

您可以在命令中尝试使用;而不是|。引用php.net上的这条评论。