让脚本每隔一段时间生成一些输出。超时不是为了运行程序完成，而是Apache等待数据时的超时。因此，如果你设法让你的程序在运行时有规律地输出一些东西，你会很好的。
请注意，HTTP客户端，即浏览器也有自己的超时时间。如果您的浏览器在五分钟内没有从Web服务器获得任何新数据（通常），浏览器将声明超时并给予，即使服务器仍在处理。如果您的长时间运行的处理会时不时地给出一些输出，这也会帮助您防止浏览器超时！

完整性：
虽然公认的答案是最好的（它在TCP/IP中被称为KeepAlive包，或者在appletalk时代被称为Tickle包），但你确实问过你是否可以做动态Apache配置。
Apache模块可以做到这一点。哦，但这是一个痛苦的写在C。请记住，mod_perl（以及某种程度上的mod_python，尽管它已被弃用）不仅处理程序，而且还 Package 了perl中的内部配置。您可以编写一些复杂的代码来增加某些情况下的超时。但是，这将是一个熊编写和测试，你最好做什么Krisku说。

似乎没有任何方法可以在<!--#include virtual=... -->指令上指定超时，但是如果你使用mod_cgid而不是mod_cgi，那么从Apache 2.4.10开始，有一个可配置的超时参数，你可以在httpd.conf或.htaccess中指定：
CGIDScriptTimeoutnnns
其中 nnn 是Apache允许CGI脚本继续运行的秒数。

• 注意：* 如果你使用PHP和Apache，那么你的Apache可能在/etc/httpd/conf.modules.d/00-mpm.conf中配置为使用“prefork”MPM（因为PHP需要它，除非使用线程安全标志构建），默认的Apache安装使用mod_cgi和prefork MPM，所以你可能需要编辑/etc/httpd/conf.modules.d/01-cgi.conf来告诉Apache使用mod_cgid而不是mod_cgi。

尽管01-cgi.conf中的注解说，“mod_cgid应该用于线程MPM; mod_cgi with the prefork MPM，" that doesn't seem to be correct，because mod_cgid seems to work fine with prefork MPM and PHP，for me，with Apache 2.4.46.
虽然这不能给予您完全控制服务器超时，但您可以为特定目录指定不同的CGIDScriptTimeout设置（例如，将slow .cgi文件放在./slowstuff/文件夹中）。
(Of当然，正如krisku在接受的答案中提到的，更改CGIDScriptTimeout不会解决用户的Web浏览器超时的问题。