好的，我有一个输出的修复。它相当慢，需要运行connected_components两次，但对我来说很有效。我把它放在这里，以防以后对任何人有帮助。
我将在这里修复MWE，但它等效于完整的3D时空数据（每天独立）。**我处理的数据的约定是经度是最后一个维度，所以（time，latitude，longitude）但它被绘制在x轴上，因此我对MWE示例中的所有函数调用都执行swapaxes。
功能

def plot(arr):
    map = plt.pcolormesh(arr, vmin=.5)
    map.cmap.set_under('none')    
 
    for xx in range(len(arr)):
        for yy in range(len(arr)):
            plt.text(yy+.5, xx+.5, arr[xx, yy],
                     ha="center", va="center", color="k")

def cut_stitch(arr):  # equivalent to switching the antimeridian [0, 360[ -> [-180, 180[
    idx = len(arr) // 2
    return np.concatenate([arr[idx:], arr[:idx]], axis=0)

def fix_date_border(arr, arr_r):
    mask = arr == 0

    mapping = {}
    for key, value in zip(arr_r[~mask], arr[~mask]):
        try:
            mapping[key].add(value)
        except KeyError:
            mapping[key] = {value}  
    # if there is only one unique value per key its a one-to-one mapping and no problem
    conflicts = [list(values) for values in mapping.values() if len(values) != 1]
    
    print(mapping)  # DEBUG
    
    for conflict in conflicts:
        idx = np.any([arr == cc for cc in conflict[1:]], axis=0)
        arr[idx] = conflict[0]  # reassign in original (i.e., first) array
        
    return arr

在重新排列的字段上再次运行元件标签，然后再次重新排列：

arr2 = cut_stitch(arr.swapaxes(0, 1)).swapaxes(0, 1)
labels2 = cut_stitch(cc3d.connected_components(arr2).swapaxes(0, 1)).swapaxes(0, 1)
plot(labels)  # original
plot(labels2)

固定标签：

labels_fixed = fix_date_border(labels.swapaxes(0, 1), labels2.swapaxes(0, 1)).swapaxes(0, 1)
# {2: {1, 2}, 7: {8, 7}, 5: {4}, 3: {3}, 1: {1}, 4: {5}, 8: {7}, 6: {6}}
plot(labels_fixed, labels=True)

注意，在固定数组中，标签将不再严格连续！