在R中更改热图的颜色

u5rb5r59 于 2023-06-19 发布在其他

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我有一个包含聚类结果的文件。我通过以下代码在R中创建了一个热图。如何将热图的颜色更改为红色和绿色

nba <- read.csv("E:/clus.arff", sep=",")
nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

1条答案

您正在使用cm.color调色板，这是一个青紫色的调色板。
你可以创建你自己的调色板，例如使用RColorBrewer。
RColorBrewer提供了一个红-黄-绿色的调色板

library(RColorBrewer)
pal <- colorRampPalette(brewer.pal(11, "RdYlGn"))(100)

brewer.pal加载调色板（调色板有11种颜色，我们将使用它们），然后colorRampPalette将其插值为100种颜色。
或者，您可以定义自己的颜色：

redgreen <- c("red", "green") 
pal <- colorRampPalette(redgreen)(100)

创建调色板后，只需将其用作heatmap的col参数。