我解决了我的问题，编写了一个函数，将一个命名向量列表转换为一个 Dataframe ，每个元素都与它的集合配对。基本上就是ggupset需要的输入。
我会在这里发布，以防有人发现它有用：

library(VennDiagram)
library(stringr)

fromListtoggUpSet <- function(namedvectors){
  clusters <- get.venn.partitions(namedvectors)
  output <- data.frame()
  genes <- c()
  for (set in 1:nrow(clusters[clusters$..count..>0,])){
    genes <- c(genes, clusters[clusters$..count..>0,]$..values..[[set]])
  }
  output <- rbind(output, list("Genes" = genes))
  output <- cbind(output, "Set" = NA)
  
  fila <- 0
  for (set in 1:nrow(clusters[clusters$..count..>0,])){
    name <- str_split_1(gsub(".*\\((.*)\\).*", "\\1", 
           str_split_1(clusters[clusters$..count..>0,]$..set..[[set]], "∖")[1]), "∩")
    for (n in 1:clusters[clusters$..count..>0,]$..count..[[set]]){
      output[n+fila, 2] <- list(list(name))
    }
    fila <- fila + clusters[clusters$..count..>0,]$..count..[[set]]
  }
  return(output)
}