是的，我推荐有多种方法来研究网状包，但基本上，R Studio预览版1.2能够“找到”你的conda环境。
我喜欢的方式是：

library(reticulate)
library(tidyverse)

# Seeing your enviroments
conda_list()

#Using it
conda_list()[[1]][1] %>% 
  use_condaenv(required = TRUE)

#Checking python

import platform
print(platform.python_version())

友情链接

网纹：https://rstudio.github.io/reticulate/
我的博客：https://twosidesdata.netlify.com/2019/03/23/exploratory-data-analysis-basic-pandas-and-dplyr/#how-to-set-up-reticulate

我认为在R控制台中无法成功进入conda环境，但您仍然可以通过指示路径使用environment命令。
例如，我的qime路径是/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime。如果你想运行像qiime info这样的代码，你可以使用以下命令：

system("/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime info")

如果你想在RStudio中使用Python，最好的方法是使用Anaconda创建一个单独的“网状”环境。
部分原因是，如果你可以使用RMarkdown来输出，需要PyQt 5，如果你覆盖PyQt，这将破坏你的Jupyter/Spyder环境。
然后你必须像这样设置一个.Renviron文件。它将R指向正确的Python env。否则，RStudio的默认环境似乎是miniconda环境。
一旦设置了单独的网状环境，并且有.Renviron指向它，所有Python包安装都应该进入该环境。

通常，我不使用Rstudio，但从一些搜索中，我可以建议你尝试设置python路径，而不是通过Conda activate激活环境。
你可以选择你要使用的Python解释器，在这里。

library(reticulate)

path_to_python <- "/anaconda3/envs/qiime2-2019.1/python"

use_python(path_to_python, required = TRUE)

以下是对同类问题的一些答案：
1> https://stackoverflow.com/a/54813273/9071644
2> https://stackoverflow.com/a/45891929/9071644
3> https://stackoverflow.com/a/43411909/9071644

我知道这是一个老问题，但我找到了一些可以激活的方法。一个是使用上面提到的库网状，但我是这样使用的：

library(reticulate)
use_condaenv("py2_env")    #activate an environment e.g py2_env
base::system(paste0("sh py2_env_program_to_run.sh"))   #run a program that requires that environment

有了网纹，我不知道你怎么会停用环境。
第二种方法，我编写了一个名为“env_eval.sh”的小bash脚本

#!/bin/bash

PATH=/opt/conda/bin:$PATH
export PATH

eval "$(conda shell.bash hook)"

然后，每当我想使用conda时，我都会在R脚本中引用它，例如：

base::system2(paste0("sh ",run_folder,"/code/bash/env_eval.sh conda activate py2_env && run_py2_env_program.sh"))

我甚至可以用这个方法停用conda环境：

base::system(paste0("sh ",run_folder,"/code/bash/env_eval.sh conda deactivate && run_program_that_should_not_be_in_any_conda_env.sh"))

我在尝试通过R系统调用运行gdal命令时遇到了这个问题。我发现我需要使用shell（）函数而不是system（）来调用我的命令。一旦conda在cmd.exe中初始化（通过运行conda init），shell（cmd）调用就可以通过R成功工作。

shell('conda activate gdal-env && gdalwarp -s_srs EPSG:6339 -t_srs EPSG:6414 in.tif out.tif')