基于What's New in Extensions，从Google Chrome 13开始，chrome.proxy API依赖于ChromeSetting类型API原型获取和设置代理配置。
在Chrome设置文档中，它指出：
ChromeSetting prototype提供了一组通用的函数（get()、set()和clear()）以及一个用于Chrome浏览器设置的事件发布器（onChange）。
Chrome区分浏览器设置的三种不同范围，并按优先级递增的顺序管理可能影响有效设置的不同层上的设置。
1.操作系统提供的系统设置
1.命令行参数
1.扩展提供的设置
1.政策
如列表所示，策略可能会否决您对扩展指定的任何更改。您可以使用get()函数来确定您的扩展是否能够提供设置，或者是否会覆盖此设置。
请尝试浏览文档以了解有关代理配置更改的更多详细信息。

找到答案了。您需要在popup.js中运行这些代码（基本上是在刷新时没有重新加载的代码，而是驻留在扩展中的代码）
完美的工作为我与下面的代码。

function setProxy(proxyIP) {
  var config = {
    mode: "fixed_servers",
    rules: {
        singleProxy: {
            scheme: "http",
            host: proxyIP,
            port:8888
        }
    }
  };
  chrome.proxy.settings.set(
    {value: config, scope: 'regular'},
    function() {});
  chrome.proxy.settings.get(
    {'incognito': false},
    function(config) {
      console.log(JSON.stringify(config));
    }
  );
}

$( document ).ready(function() {
  setProxy(proxyIP)
}

希望你能找到答案。