pandas 输出命名列，Regex提取函数输出为空

u7up0aaq 于 2023-06-20 发布在其他

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我有一个包含一个文本字符串的单列fullIden的表。我想使用正则表达式和extractall从这个字符串中提取值，并将它们输出到各个列中。但是，尽管表输出的是正确的列，但所有行当前都为空。
| fullIden|
| - -----|
| ENSAPLP0000008325.2 pep primary_assembly：CAU_duck1.0：1：4776：289936：-1 gene：ENSAPLG0000008650.2 transcript：ENSAPLT00000009001.2 gene_biotype：protein_coding transcript_biotype：protein_coding gene_symbol：SHANK3 description：SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3 [Source：HGNC Symbol; Accc：HGNC：14294]|
下面是我使用的正则表达式：

p = re.compile(r'(?P<PepID>[^\s]+)\spep'
           + r'primary_assembly:(?P<genome_version>[^:]+):'
           + r'(?P<chromosome>[^:]+):'
           + r'(?P<start>[^:]+):'
           + r'(?P<end>[^:]+):'
           + r'(?P<strand>[^:]+):'
           + r'gene:(?P<gene>[^\s]+)\s+'
           + r'transcript:(?P<transcript>[^\s]+)\s*'
           + r'gene_biotype:(?P<gene_biotype>[^\s]+)\s*'
           + r'transcript_biotype:(?P<transcript_biotype>[^\s]+)\s*'
           + r'gene_symbol:(?P<gene_symbol>[^\s]+)\s*'
           + r'description:(?P<description>[^[]+)\s'
           + r'\[Source:(?P<source>[^;]+);*'
           + r'Acc:(?P<accession>[^]]+)\]*')

下面是我用来提取值并将其输出到各个列的代码：

df = pd.concat([
    df,
    (
        df.fullIden.str.extractall(p)
          .reset_index('match', drop=True)
    )
], axis=1).fillna('')

任何帮助将不胜感激！谢谢你。

pandas

来源：https://stackoverflow.com/questions/76489959/output-named-columns-regex-extractall-function-is-outputing-empty

1条答案

按热度按时间

aydmsdu91#

你可以试试这个：

p = ( # to be adjusted, if needed
    r'(?P<PepID>[^\s]+)\s*pep:?' 
     '\s*primary_assembly:(?P<genome_version>[^:]+):?'
     '\s*(?P<chromosome>[^:]+):?'
     '\s*(?P<start>[^:]+):?'
     '\s*(?P<end>[^:]+):?'
     '\s*(?P<strand>[^:]+):?'
     '\s*gene:(?P<gene>[^\s]+)\s*:?'
     '\s*transcript:(?P<transcript>[^\s]+):?'
     '\s*gene_biotype:(?P<gene_biotype>[^\s]+):?'
     '\s*transcript_biotype:(?P<transcript_biotype>[^\s]+):?'
     '\s*gene_symbol:(?P<gene_symbol>[^\s]+):?'
     '\s*description:(?P<description>[^[]+)'
     '\s*\[Source:(?P<source>[^;]+);*'
     '\s*Acc:(?P<accession>[^]]+)\]*'
)
            
out = df.join(df["fullIden"].str.extract(p))

#if multiple matches per row, df.join(df["fullIden"].str.extractall(p).droplevel(0))

输出：
| fullIden| PepID|基因组版本|染色体|启动|结束|股线|基因|抄本|基因生物型|转录生物型|基因符号|描述|来源|加入|
| - -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|- -----|
| ENSAPLP0000008325.2 pep primary_assembly：CAU_duck1.0：1：4776：289936：-1 gene：ENSAPLG0000008650.2 transcript：ENSAPLT00000009001.2 gene_biotype：protein_coding transcript_biotype：protein_coding gene_symbol：SHANK3 description：SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3 [Source：HGNC Symbol; Accc：HGNC：14294]| ENSAPLP00000008325.2| CAU_duck1.0| 1|四七七六|289936|-1| ENSAPLG00000008650.2| ENSAPLT00000009001.2|蛋白质编码|蛋白质编码|SHANK3| SH3和多锚蛋白重复结构域3| HGNC符号|HGNC：14294|

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