可以尝试使用文档中提到的流
如下

const crypto = require('crypto');
const fs = require('fs');
const wstream = fs.createWriteStream('fileWithBufferInside');
// creates random Buffer of 100 bytes
const buffer = crypto.randomBytes(100);
wstream.write(buffer);
wstream.end();

或者你可以将buffer转换为JSON并保存在文件中，如下所示：

const crypto = require('crypto');
const fs = require('fs');
const wstream = fs.createWriteStream('myBinaryFile');
// creates random Buffer of 100 bytes
const buffer = crypto.randomBytes(100);
wstream.write(JSON.stringify(buffer));
wstream.end();

如果你的应用程序逻辑不需要使用同步性质，你不应该使用writeFileSync，因为它会阻塞你的代码，直到它结束，所以要小心。尝试使用writeFile或Streams，这更方便。

Protocol Buffers的目的是将强类型消息序列化为二进制格式，然后再序列化回消息。如果要将消息从内存写入文件，请首先将消息序列化为二进制，然后将二进制写入文件。
NodeJS Buffer docs
NodeJS write binary buffer into a file
协议缓冲区JavaScript SDK文档
它应该看起来像这样：

const buffer = messageInstance.serializeBinary()
fs.writeFile("filename.pb", buffer, "binary", callback)

我发现了如何轻松地将protobuf对象保存在文件中。
将protobuf对象转换为buffer并保存。

const protobuf = somefunction(); // returning protobuf object  
const buffer = protobuf.toBuffer();  

fs.writeFileSync("filename.pb", buffer);

如果使用protobufjs模块，finish()方法返回您要保存的二进制数组。

const protoWriter = ProtoResource.encode(ProtoResource.fromObject(someJson));
fs.writeFileSync("./resources/output", protoWriter.finish());

当然，someJson应该符合您的ProtoResource消息定义。