合并名称相同但代码不同的文件- UNIX

lymnna71 于 2023-06-22 发布在 Unix

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我想合并的文件有相同的部分相同：

XX_barcode2_XX.fastq
XX_barcode2_XX.fastq
XX_barcode3_XX.fastq
XX_barcode3_XX.fastq
XX_barcode4_XX.fastq
XX_barcode4_XX.fastq

因此，我想要一个用于barcode2的文件，一个用于barcode3的文件等。
我在尝试这个：

for i in {2 .. 96};
do
   cat *_barcode$i*.fastq >> barcode$i.fastq;
done

但它不起作用。有什么想法吗

unix

来源：https://stackoverflow.com/questions/76508163/merge-files-with-the-same-name-but-different-code-unix

1条答案

按热度按时间

qgzx9mmu1#

我会这样做：

#!/bin/bash

echo "file2 A" > XX_barcode2_XX.fastq
echo "file2 B" > XX_barcode2_YY.fastq
echo "file3 A" > XX_barcode3_XX.fastq
echo "file3 B" > XX_barcode3_YY.fastq
echo "file4 A" > XX_barcode4_XX.fastq
echo "file4 B" > XX_barcode4_YY.fastq

for i in {2..96}
do
    echo "i=$i"
    if find . -name "*_barcode$i*.fastq"
    then
        echo "in if"
        cat "*_barcode$i*.fastq" >> "barcode$i.fastq"
    fi
done

脚本的顶部只是为了创建文件供我测试。
if find ...只处理存在的文件。否则，它将创建空文件5到96。如果不需要，您可以删除它。
如果不需要调试消息，可以删除echo语句。
在你的for循环中，你在{2 .. 96}周围放了空格，bash对错误位置的空格非常挑剔。
你可以在发布前使用https://www.shellcheck.net/验证你的语法。
和;不需要结束行，这不是C：）

赞(0）回复(0）举报 2023-06-22

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