我对这个功能完全不知所措。它是用MATLAB编写的，它应该基于Needleman-Wunsch矩阵给出DNA序列的最佳比对。这并不相关，因为据我所知，这与问题无关。
我不明白它一直出错的地方，因为它似乎只是犯了某种计算错误，我知道这是不可能的。
这就是函数。我知道这不是很有效，但我认为至少应该工作：

function [q1, q2, w] = traceback(D, seq1, seq2, g, S)
lengte = max(length(seq1), length(seq2));       % Preallocatie Q1 en Q2
q1 = char([]);                         
q2 = char([]);
w = D(length(seq1)+1,length(seq2)+1);           % Bepaling w (laatste element van matrix D)
a = 0;
b = 0;
k = 0;
for i = length(seq1):-1:2
    for j = length(seq2):-1:2
        if D(i,j) == D(i,j-1) - g               % Naar links = gap in seq1
            q1 = ['-', q1];
            q2 = [seq2(end-b), q2];
            b = b+1;
            k = k+1;           
        elseif D(i,j) == D(i-1,j) - g           % Naar boven = gap in seq2
            q1 = [seq1(end-a), q1];
            q2 = ['-', q2];
            a = a+1;
            k = k+1;
        else                                    % Linksboven = match/puntmutatie
            q1 = [seq1(end-a), q1];
            q2 = [seq2(end-b), q2];
            a = a+1;
            b = b+1;
            k = k+1;
        end
        if k == lengte
            return
        end
            
    end
end

• • 这些是放入其中的变量：**

seq1 = 'CGT';
seq2 = 'ACGT';
g = -5;
S = [10 -1 -3 -4; -1 7 -5 -3; -3 -5 9 0; -4 -3 0 8];
D =

     0    -5   -10   -15   -20
    -5    -3     4    -1    -6
   -10    -6    -1    11     6
   -15   -11    -6     6    19

（D是用另一个函数计算的，它肯定有效）

• • 这就是我得到的：**

q1 = 'CG-T'
q2 = 'ACGT'
w = 19

• • 这就是我应该得到的**

q1 = '-CGT'
q2 = 'ACGT'
w = 19

因此，在for-loop s的第二次迭代期间，它似乎在第一个if-statement处出错：

if D(i,j) == D(i,j-1) - g               % Naar links = gap in seq1

此时应该转换为D（2，3）== D（2，2）-g，转换为4 ==-3 +5，这显然是不正确的，所以我不明白为什么它执行if。