这是我以前的question的后续。这一次，如果bed文件中的两个条目重叠，我想在输出中保留其中一个（随机选择）。最好是，我寻找一个修改前一个答案（bedtools包）。对于输入：我希望得到如下输出：
pwuypxnk1#
你能把坐标分成两个单独的床文件fileA.bed和fileB.bed吗？然后你可以使用bedtools intersect和-u选项来完成这个任务：（https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/intersect.html）
bedtools intersect -u -a fileA.bed -b fileB.bed > overlapped_entries.bed
1条答案
按热度按时间pwuypxnk1#
你能把坐标分成两个单独的床文件fileA.bed和fileB.bed吗？然后你可以使用bedtools intersect和-u选项来完成这个任务：（https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/intersect.html）