我想你正在寻找类似this example的东西。
请注意，这个查询看起来很混乱，但$replaceRoot，newRoot和$arrayElemAt只是从数组中获取第一个元素并将其像对象一样输出。
查询的其余部分非常简单，使用$match进行第一次过滤，避免在每个文档中执行$filter。然后$filter，得到数组中的元素，其中IdS3等于你想要的数。
所以使用c#你可以尝试MongoDB Compass export to specific language提供的类似的东西（我不是c#Maven，但你被标记为.net-driver）：

new BsonArray
{
    new BsonDocument("$match", 
    new BsonDocument("StoredDocuments.IdS3", 1)),
    new BsonDocument("$replaceRoot", 
    new BsonDocument("newRoot", 
    new BsonDocument("$arrayElemAt", 
    new BsonArray
                {
                    new BsonDocument("$filter", 
                    new BsonDocument
                        {
                            { "input", "$StoredDocuments" }, 
                            { "cond", 
                    new BsonDocument("$eq", 
                    new BsonArray
                                {
                                    "$$this.IdS3",
                                    1
                                }) }
                        }),
                    0
                })))
}