我也有同样的问题，但发现了一个非常简单的方法来转换 Dataframe 到一个fasta文件使用包：“seqRFLP”。
请执行以下操作：安装并加载seqRFLP

install.packages("seqRFLP")
library("seqRFLP")

您的序列需要位于数据框中，序列标题位于第1列，序列位于第2列[无论是核苷酸还是氨基酸]
下面是一个示例 Dataframe

names <- c("seq1","seq2","seq3","seq4")

sequences<-c("EPTFYQNPQFSVTLDKR","SLLEDPCYIGLR","YEVLESVQNYDTGVAK","VLGALDLGDNYR")

df <- data.frame(names,sequences)

然后使用以下函数将 Dataframe 转换为.fasta格式：'dataframe2fas'

df.fasta = dataframe2fas(df, file="df.fasta")

D <- do.call(rbind, lapply(seq(nrow(X)), function(i) t(X[i, ])))
D
#         1             
# column1 "sequence1"   
# column2 "ATCGATCGATCG"
# column1 "sequence2"   
# column2 "GCCATGCCATTG"

然后，当您写入文件时，可以使用

write.table(D, row.names = FALSE, col.names = FALSE, quote = FALSE)
# sequence1
# ATCGATCGATCG
# sequence2
# GCCATGCCATTG

因此行名称、列名称和引号将消失。

当我这样做的时候，我倾向于使用这样的东西：

Xfasta <- character(nrow(X) * 2)
Xfasta[c(TRUE, FALSE)] <- paste0(">", X$column1)
Xfasta[c(FALSE, TRUE)] <- X$column2

这将创建一个空的字符向量，其长度是表长度的两倍;然后将column 1中的值放在从1开始的每隔一个位置，并将column 2中的值放在从2开始的每隔一个位置。
然后使用writeLines写入：

writeLines(Xfasta, "filename.fasta")

在这个答案中，我在标题中添加了一个“>”，因为这是fasta格式的标准，并且是一些接受fasta输入的工具所必需的。如果你不介意添加“>”，那么：

Xfasta <- character(nrow(X) * 2)
Xfasta[c(TRUE, FALSE)] <- X$column1
Xfasta[c(FALSE, TRUE)] <- X$column2

如果您没有使用选项来阻止字符作为因子读取文件，那么您可能需要使用<- as.character(X$column1)。也有一些工具可用于此转换，我认为Galaxy浏览器有一个选项。

在头部添加>

X$column1 <- paste0(">",X$column1)

绑定header和seqs行

seqs_fasta <- c(rbind(X$column1, X$column2))

快速写入

write(x = seqs_fasta, file = "/home/../my_seqs.fasta")