您的模式([^1|-])\n(.)|(.)\n([^|-])使用了左右两个捕获组的交替，每侧总共匹配3个字符。
因此，如果您希望结果中包含捕获组数据，则必须在替换中使用这些组。
但是这个否定的字符类[^1|-]也可以匹配空格或换行符，并且不考虑多个空格字符。
您可以做的是匹配一个管道，然后在换行符周围加上可选的空格，并在替换中使用单个管道。

\|[^\S\n]*\n[^\S\n]*

请参见regex 101 demo。

import re

regex = r"\|[^\S\n]*\n[^\S\n]*"

s = ("|A  |B  |C  |\n"
            " D  |E  |\n"
            "F  |G  |")

print(re.sub(regex, '|', s))

输出量

|A  |B  |C  |D  |E  |F  |G  |

因为\s * 也可以 * 匹配换行符，所以更短的选项可以使用regex = r"\|\s+"，但是当没有换行符时，它也会匹配管道后面的空格。