您看到的行为是预期的git行为：
如果您正确阅读了有关模板目录的手册：

模板目录

模板目录包含创建后将复制到**$GIT_DIR**的文件和目录。
从模板目录复制的文件被放置在GIT_DIR中，默认情况下，该目录位于repo根目录下的.git目录中。
据我所知，git init不支持工作树模板。如果需要这种行为，您应该能够通过编写一些简单的bash别名或函数来完成此操作。

你可以做到这一点，但它需要一些额外的步骤。
1.创建默认目录结构，就像它是一个普通的存储库一样：

mkdir template && cd template
git init && touch README.md && cat ~/.gitignore_global > .gitignore
git add --all && git commit -m "init"

（严格地说，最后一次提交在这里是不必要的，但是你最终还是要做的，所以为什么不现在就做呢）
1.现在移除你的工作树并将.git文件上移：

mv .git/* ./ && rm -r README.md .gitignore .git

1.您现在可以将其设置为默认模板，但为了举例：

mkdir ../myrepo && cd ../myrepo
git init --template=../template

(Note有趣的消息：Reinitialized existing Git repository...）
1.现在重要的一步：（你的repo是最新的，但你的工作树不是）：

git reset --hard

(if如果你之前跳过了提交，你必须在重置之前在这里提交）
将来，假设您已经设置了默认模板，您只需

git init && git reset --hard

（我没有直接引用，但this chapter肯定有帮助。

您可以创建一个模板存储库，每次要创建新项目时都要克隆该存储库。然后删除.git文件夹并将内容复制到新项目中，然后调用git init。假设您的模板存储库名为project_template：

$ git clone project_template new_project
$ cd new_project
$ rm -rf .git
$ git init

不是一个理想的解决方案，但它可以被脚本化。
这是对here提供的步骤的修改，这是特定于使用GitHub的。

您可能会发现cookiecutter工具对于基于灵活模板自动初始创建 backbone 项目非常有用：
https://github.com/audreyr/cookiecutter
它是跨平台的，并积极维护。虽然它是用Python实现的，但它适用于任何类型的项目，并且不需要任何Python专业知识。最重要的是，你可以通过github轻松分享你的模板。

一个简单的解决方案，为我工作：

• 在一个固定的位置建立一个目录，里面有你需要的东西。
• 然后创建一个脚本，将其内容复制到您想要启动git存储库的位置。

下面是一个例子。
顺便说一下，一些常见的.gitignore配置可以在这里找到：https://gist.github.com/octocat/9257657
设置目录：

mkdir ~/.git_template_dir
cd ~/.git_template_dir
echo "..." > .gitignore

编写脚本：

• nix：

#!/bin/bash
git init
cp -R ~/.git_template_dir/ .

Windows（%userprofile%相当于~; %cd%到.）：

git init
xcopy %userprofile%\.git_template_dir\ %cd%

然后添加到路径以便于访问。

您需要：

mkdir -p /usr/local/share/git-templates/hooks
git config --system init.templatedir '/usr/local/share/git-templates'

• 在hooks目录中添加所需的钩子

然后才在要更新的存储库的根目录下发出git init。