我认为你已经在远程仓库中提交了，当你拉取时，这个错误发生了。
使用以下命令：

git pull origin master --allow-unrelated-histories
git merge origin origin/master

我遇到了一个类似的问题，我从第二个远程引入了一个分支，并希望与第一个远程的分支合并。这与现有的答案不同，因为我没有在pull上使用-allow-independent-histories，而是在merge上使用。

git checkout master
git merge --allow-unrelated-histories myfunnybrancy

当本地的.git子目录丢失时，整个项目似乎不知从哪里出现，因为所有的本地更改历史都包含在.git中。因此，您的本地更改将变得不相关。这就是为什么所有的变化都被称为“不相关的历史”。
在这种情况下，git merge or pull请求将无法跟踪您在远程项目中进行的更改。因此，" refusing to merge unrelated histories"-错误发生。
在这种情况下，如果您尝试通过以下命令强制合并，
git pull origin master --allow-unrelated-histories
git merge origin origin/master
它会产生很多冲突，因为它无法找到您本地更改的历史。

git pull origin master --allow-unrelated-histories

我在重命名GitHub Enterprise中的一个存储库时遇到了这个问题，然后按照下面的步骤制作相同的前命名存储库。
1.在远程创建存储库sample
1.克隆到本地
1.将remote重命名为old-sample
1.在远程中创建名为sample的新存储库
1.尝试从本地推送
1.发生错误。
奇怪的是，我删除了本地仓库，但git试图克隆旧的仓库，即使我尝试通过新创建的仓库URL进行克隆。克隆URL只是自动重定向到旧的，即使新的存在于远程。我不知道这是由于服务器还是本地Git进程。
由于这个原因，错误的发生是因为Git进程无法将其本地提交历史与远程历史进行比较。

不相关的历史可以告诉在上述情况下。

我最终删除并重命名了远程的旧存储库，问题得到了解决。

只是：

git pull --allow-unrelated-histories