让我推荐M2HTML，一个自动生成MATLAB m文件的HTML文档的工具。在其功能列表中：

• 查找函数之间的依赖关系并生成依赖关系图（使用GraphViz的点工具）
• 函数和子函数的自动交叉引用及其在源代码中的定义

查看demo页面，查看tool的输出示例。

我建议使用depfun函数来构造调用图。有关详细信息，请参阅http://www.mathworks.com/help/techdoc/ref/depfun.html。
特别是，我发现用'-toponly'参数调用depfun，然后迭代结果，是手工构造调用图的一种很好的方法。不幸的是，我再也不能访问我用它编写的任何代码了。

我认为你的意思是你想确切地看到你的代码是如何运行的--什么函数调用什么子函数，什么时候，以及这些函数运行了多长时间？
看看MATLAB Code Profiler。执行代码如下：

>> profile on -history; MyCode; profile viewer
>> p = profile('info');

p包含函数历史，从我上面链接的同一个帮助页面：
历史数据描述在执行期间进入和退出的函数的序列。profile命令在其返回的结构的FunctionHistory字段中返回历史数据。历史数据是一个2 × n数组。第一行包含布尔值，其中0表示进入函数，1表示退出函数。第二行通过FunctionTable字段中的索引标识正在进入或退出的函数。这个例子[下面]读取历史数据并将其显示在MATLAB命令窗口中。

profile on -history
plot(magic(4));
p = profile('info');

for n = 1:size(p.FunctionHistory,2)
 if p.FunctionHistory(1,n)==0
        str = 'entering function: ';
 else
        str = 'exiting function: ';
 end
 disp([str p.FunctionTable(p.FunctionHistory(2,n)).FunctionName])
end

您不一定需要像上面的示例那样显示入口和出口调用;只需查看p.FunctionTable和p.FunctionHistory就足以显示代码何时进入和退出函数。

这个问题已经有很多答案了。然而，因为我喜欢这个问题，我喜欢拖延，下面是我回答这个问题的方式（它接近Dang Khoa提出的方法，但不同的是，在我看来）：
我们的想法是运行profile函数，沿着一个digraph来表示数据。

profile on

Main % Code to be analized

p = profile('info');

p是一个结构。特别地，它包含字段FunctionTable，这是一个结构数组，其中每个结构包含有关Main.m执行期间的一个调用的信息。为了只保留函数，我们必须检查FunctionTable中的每个元素是否是函数，即如果p.FunctionTable(ii).Type是'M-function'
为了表示信息，让我们使用MATLAB's digraph对象：

N = numel(p.FunctionTable);

G = digraph;

G = addnode(G,N);

nlabels = {};

for ii = 1:N
    
        Children = p.FunctionTable(ii).Children;
        
        if ~isempty(Children)
            
            for jj = 1:numel(Children)
                
                G = addedge(G,ii,Children(jj).Index);
                
            end
            
        end
end

Count = 1;

for ii=1:N

    if ~strcmp(p.FunctionTable(ii).Type,'M-function') % Keep only the functions    
        
        G = rmnode(G,Count);
    
    else
        
        Nchars = min(length(p.FunctionTable(ii).FunctionName),10);
        nlabels{Count} = p.FunctionTable(ii).FunctionName(1:Nchars);
        Count = Count + 1;
             
    end
    
end

plot(G,'NodeLabel',nlabels,'layout','layered')

G是一个有向图，其中node #i是指结构数组p.FunctionTable中的i-th元素，如果node #i表示的函数是node #j表示的函数的父函数，则边将node #i连接到node #j。
当应用到我的大程序时，这个图非常难看，但对于较小的函数可能会更好：

放大图形的子部分：

我同意m2 html的回答，我只是想说下面的例子来自m2 html/mdot文档是好的：

mdot('m2html.mat','m2html.dot');
!dot -Tps m2html.dot -o m2html.ps
!neato -Tps m2html.dot -o m2html.ps

但我在导出到PDF时运气更好：

mdot('m2html.mat','m2html.dot');
!dot -Tpdf m2html.dot -o m2html.pdf

此外，在尝试上述命令之前，您必须发出以下命令：

m2html('mfiles','..\some\dir\with\code\','htmldir','doc_dir','graph','on')

我发现m2html非常有帮助（与Graphviz软件结合使用）。然而，在我的情况下，我想创建一个文件夹中包含的程序的文档，但忽略了一些子文件夹和.m文件。我发现，通过在m2html调用中添加“ignoreddir”标志，可以使程序忽略一些子文件夹。但是，我没有找到忽略.m文件的类似标志（“ignoreddir”标志也没有完成这项工作）。作为一种解决方法，在m2html.m文件中的第1306行之后添加以下行也允许使用“ignoreddir”标志来忽略.m文件：

d = {d{~ismember(d,{ignoredDir{:}})}};

因此，例如，为了生成文件夹“program_folder”中包含的程序的html文档，但忽略“subfolder_1”子文件夹和“test.m”文件，应该执行如下操作：

m2html( 'mfiles', 'program_folder', ...  % set program folder
        'save', 'on', ...  % provide the m2html.mat
        'htmldir', './doc', ...  % set doc folder
        'graph', 'on', ...  % produce the graph.dot file to be used for the visualization, for example, as a flux/block diagram
        'recursive', 'on', ...  % consider also all the subfolders inside the program folders
        'global', 'on', ...  % link also calls between functions in different folders, i.e., do not link only the calls for the functions which are in the same folder
        'ignoreddir', { 'subfolder_1' 'test.m' } );  % ignore the following folders/files

请注意，“program_folder”中所有名为“subfolder_1”的子文件夹和所有名为“test.m”的文件都将被忽略。