R语言对数缩放ggplot2值高于和低于从最小点开始的1轴

prdp8dxp 于 2023-07-31 发布在其他

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我试图得到这个条形图，从最低到最高的log 10标准化值，所以所有的值都存在。我遇到的问题是小于1的数字显示为10^-负数，并且与大于1的值（10 ^正数）不同。
我找到的唯一解决方案是使用geom_segment，但由于我的数据是结构化的，因此没有解决方案可以在x位置使用字符值。
我如何让这个图形显示从0.0001到100的所有对数标度值？

dt <- read.csv("data_median.csv")

# load ggplot2
library(ggplot2)
library(hrbrthemes)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(ggallin)
library(scales)

quantile_plot <- ggplot(dt, aes(x = Label, y = y, color = Type)) +
            geom_bar(stat = "identity") +
            labs(title = 'Contaminant_plot', y = 'ng/g Wet Weight') +
            scale_y_continuous(trans= 'log10') +
            theme(text = element_text(size = 10)) +
            scale_fill_brewer(palette = "Set1") + 
            coord_flip()

quantile_plot

#save to plots to disk
  ggsave("Contaminant_Plot.png", width = 45.5, height = 27.78, units = 'cm', dpi = 600)

字符串
x1c 0d1x的数据

来源：https://stackoverflow.com/questions/72609403/log-scaling-ggplot2-values-above-and-below-1-axis-starting-at-min-point

2条答案

按热度按时间

nbewdwxp1#

scales::pseudo_log_trans在这里可能有用。这是一个转换函数，使用带符号对数，在零附近平滑过渡到线性。因此，它允许您显示零值、负值以及对数标度，否则您将使用scale_x_log10。

my_data <- data.frame(label = 1:11, y = 10^(-5:5))
my_data
  
library(ggplot2)
ggplot(my_data, aes(y, label)) +
  geom_col(orientation = "y") +
  scale_x_continuous(
    trans = scales::pseudo_log_trans(sigma = 0.000001), 
    breaks = 10^(-5:5))

字符串

的数据

赞(0）回复(0）举报 2023-07-31

lmyy7pcs2#

这里的棘手之处在于，从数学上讲，它产生的是完全正确的东西。您可以通过将每个值除以最小值来将“0”点设置为最小值，并使所有内容都朝向正确的方向来稍微改变它：

library(tidyverse)

df <- tibble(a = letters[1:15],
       b = 10^rnorm(15)) 

df |> 
  ggplot(aes(y = a, x = b)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_x_log10()

字符串

...变成：

df |> 
  mutate(trans_b = b/ min(b)) |> 
  ggplot(aes(y = a, x = trans_b)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_x_log10()

型

当然，这只是一个相对的比例，比如说“o是l的10倍”。另一个解决方案是更改单位，使它们在缩放前都大于1：

df |> 
  mutate(trans_b = b*1000) |> 
  ggplot(aes(y = a, x = trans_b)) +
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_x_log10("B's per 1,000")

型

由reprex package（v2.0.1）于2022-06-13创建

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