R语言替换列中的字母以生成新列[已关闭]

xqkwcwgp 于 2023-07-31 发布在其他

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我有一个制表符分隔的文件，其中包含两列（ref和alt）。我想通过替换ref列中的alt列字母来创建新列。但我不想用任何替换空行和TTGA（长度大于1）之类的字母
下面是我的输入文件

ref alt
T   C
C   
T   A,C
G   TTGA
C

字符串
预期产量

ref alt         
T   C   C   T   T
C       C   C   C
T   A,C T   A   C
G   TTGA    G   G   G
C       C   C   C

型
输出的说明
1）在ref列中，T在第一列，第二行，在相邻的alt列中，C存在于第二列，第二行，所以我打印ref列作为新列（见第3列），然后我用alt列中的C替换T。
1.在第一列，第三行和相邻的alt列中有C，所以我不会粘贴ref列作为新列。
1.在第一列第4行的ref列中有T，在相邻的alt列中有A,C（第二列第4行），因此按原样粘贴ref列（第4列），我首先用A替换T，然后再次按原样粘贴ref列，并用C替换T（第5列第4行）
1.在第一行中，5t列G在那里，并且在相邻的alt列TTGA（长度大于1）在那里，所以我不会将ref列粘贴为新列。

C在第一列，第6行，但在相邻的alt列没有什么可替换的，所以我不会粘贴ref列，因为它是新列。

r

来源：https://stackoverflow.com/questions/72895442/replace-letters-in-column-to-generate-new-column

1条答案

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yacmzcpb1#

Awk解决方案
文件./replaceletters.awk：

#! /usr/bin/awk -f

BEGIN {
    FS = OFS = "\t"
}
# First line
NR == 1 {
    print $1,$2
    next
}
# Case: Only one column:
#  A -> A; empty; A; A; A
NF == 1 {
    print $1,"",$1,$1,$1
    next
}
# Case: Two columns, one letter on second column:
#  A; B -> A; B; B; A; A
NF == 2 && length($2) == 1 {
    print $1,$2,$2,$1,$1
    next
}
# Case: Two columns, two letters on second column:
#  A; B,C -> A; B,C; A; B; C
NF == 2 && $2 ~ /^.,.$/ {
    C1 = C2 = $2
    gsub(/,.*$/, "", C1)
    gsub(/^.*,/, "", C2)
    print $1,$2,$1,C1,C2
    next
}
# Case: Other cases with two columns
#  A; X -> A; X; A; A; A
NF == 2 {
    print $1,$2,$1,$1,$1
    next
}

字符串
可执行模式：

chmod +x ./replaceletters.awk

型
启动方式：

./replaceletters.awk input01.txt

型
输出量：

ref alt
T   C   C   T   T
C       C   C   C
T   A,C T   A   C
G   TTGA    G   G   G
C       C   C   C

型

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