我是生存曲线的新手，并试图用R来绘制它们。我的Excel文件中有以下列：样品（实验或对照）、年龄（老年或年轻）、性别（男性或女性）、细菌状态（阳性或阴性）和第0-20天（21个单独的列）;参见下面的示例。我的生存期为20天，从第0天开始。第0天最多，我的样本全部死亡，并且可以在第20天之前结束（n=0），有时在最后一天还有一些剩余。然后，我希望x轴=天，y轴=存活概率，并使用**Log-Rank（Mantel-Cox）检验比较实验组与对照组、性别、年龄和细菌状态。
| 性别|扬|细菌状态|第0天|第一天|第二天| Day 2 |
| --|--|--|--|--|--| ------------ |
| 男性|扬|阳性|三十五|三十四|三十三| 33 |
| 母头|老|阴性|三十五|三十五|三十五| 35 |
1条答案
按热度按时间tf7tbtn21#
尝试“survival”，“survminer”，“condSURV”包，“ggsurvfit”绘图。您需要正确地格式化数据，以便创建一个新的数据集。当有人死了，你需要做一行3列最低：天，生存，组。
所以如果有人在第一天死亡，你输入1代表天，1代表生存（他们死亡），“感染”或群体，假设他们被感染了。如果第10天有4个人，那就是4个单独的行，每个行在天列中有10个，在生存列中有1个（他们都死了），在组列中有他们各自的组。感染或未感染。
然后只需要在数据上使用生存分析代码，例如比较各组的生存率：
字符串
对于成对版本，其：
型
或者绘制生存曲线：
型