我想我现在可以看到人们如何发现这一点令人困惑。将mktime()视为具有签名

time_t mktime_actual(struct tm *dst, const struct tm *src);

字符串
其中time_t结果是基于（归一化的）*src计算的，并且归一化的字段以及当时是否应用夏令时被保存到*dst。
只是C语言开发人员在历史上选择只使用一个指针，将src和dst组合在一起。但上述逻辑仍然成立。
请参阅man mktime手册页，尤其是以下部分：
函数的作用是：将分解的时间结构（表示为本地时间）转换为日历时间表示。该函数忽略调用方在tm_wday和tm_yday字段中提供的值。tm_isdst字段中指定的值通知mktime（）夏令时（DST）是否在tm结构中提供的时间内生效：正值表示DST有效; 0表示DST未生效;负值意味着mktime（）应该（使用时区信息和系统数据库）尝试确定DST是否在指定时间生效。
mktime（）函数修改tm结构的字段如下：tm_wday和tm_yday被设置为根据其它字段的内容确定的值;如果结构成员超出其有效间隔，则将对其进行规范化（例如，将10月40日更改为11月9日）; tm_isdst分别被设置（不管其初始值如何）为正值或0，以指示DST在指定时间是否生效。调用mktime（）还将使用有关当前时区的信息设置外部变量tzname。
如果指定的分解时间不能表示为日历时间（从Epoch开始的秒数），mktime（）返回（time_t）-1，并且不改变分解时间结构的成员。
换句话说，如果你稍微改变一下你的测试程序，比如说变成

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <time.h>

static const char *dst(const int flag)
{
    if (flag > 0)
        return "(>0: is DST)";
    else
    if (flag < 0)
        return "(<0: Unknown if DST)";
    else
        return "(=0: not DST)";
}

static struct tm newtm(const int year, const int month, const int day,
                       const int hour, const int min, const int sec,
                       const int isdst)
{
    struct tm t = { .tm_year  = year - 1900,
                    .tm_mon   = month - 1,
                    .tm_mday  = day,
                    .tm_hour  = hour,
                    .tm_min   = min,
                    .tm_sec   = sec,
                    .tm_isdst = isdst };
    return t;
}

int main(void)
{
    struct tm   tm = {0};
    time_t secs;

    tm = newtm(2016,9,30, 12,0,0, -1);
    secs = mktime(&tm);
    printf("-1: %04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d %s %lld\n",
           tm.tm_year+1900, tm.tm_mon+1, tm.tm_mday,
           tm.tm_hour, tm.tm_min, tm.tm_sec, dst(tm.tm_isdst), (long long)secs);

    tm = newtm(2016,9,30, 12,0,0, 0);
    secs = mktime(&tm);
    printf(" 0: %04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d %s %lld\n",
           tm.tm_year+1900, tm.tm_mon+1, tm.tm_mday,
           tm.tm_hour, tm.tm_min, tm.tm_sec, dst(tm.tm_isdst), (long long)secs);

    tm = newtm(2016,9,30, 12,0,0, 1);
    secs = mktime(&tm);
    printf("+1: %04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d %s %lld\n",
           tm.tm_year+1900, tm.tm_mon+1, tm.tm_mday,
           tm.tm_hour, tm.tm_min, tm.tm_sec, dst(tm.tm_isdst), (long long)secs);

    return EXIT_SUCCESS;
}

型
然后运行它会产生输出

-1: 2016-09-30 12:00:00 (>0: is DST) 1475226000
 0: 2016-09-30 13:00:00 (>0: is DST) 1475229600
+1: 2016-09-30 12:00:00 (>0: is DST) 1475226000

型
换句话说，它的行为完全如所描述的（在上面的引用中）。这种行为在C89、C99和POSIX. 1中都有记录（我想C11也有，但没有检查）。

成功完成后，结构的tm_wday和tm_yday组件的值将被适当设置，其他组件将被设置为表示指定的日历时间，... C11dr §7.27.2.3 2
调用mktime(&tm)时，tm的原始值不受范围限制。
由于第一个mktime(&tm)调用，当然tm.tm_isdst和tm.tm_hour被调整为1和11。所以OP的以下代码tm.tm_isdst = 1;和tm.tm_isdst = -1;不会影响时间戳。
最好设置所有字段进行调查。

struct tm   tm0 = {0};
struct tm   tm;
int secs;

tm0.tm_sec = 0;
tm0.tm_min = 0;
tm0.tm_hour = 12;
tm0.tm_mon = 9 - 1;
tm0.tm_mday = 30;
tm0.tm_year = 2016 - 1900;

tm = tm0;
tm.tm_isdst = 0;
secs = mktime(&tm);
printf("%i\n", (int) secs);

tm = tm0;
tm.tm_isdst = 1;
secs = mktime(&tm);
printf("%i\n", (int) secs);

tm = tm0;
tm.tm_isdst = -1;
secs = mktime(&tm);
printf("%i\n", (int) secs);

字符串