我正在第一次修补模块。我已经安装了lmod和easybuild，并构建了一个包含依赖项的包（SAMtools）。
运行module av显示模块可用。它将它们列出两次，一次在“所有”类别中，另一次在其相关类别中。如果我试图加载一个像bio/SAMtools这样的模块，它会抱怨找不到依赖项。我假设这是因为它在需要查找all/ncurses或devel/ncurses时，却在查找ncurses。
我知道我可以只更改modulepath直接指向all目录，而不是包含类别目录的目录，但我想知道这是否是正确的方法，或者我做错了什么，module应该能够定位模块依赖项。
1条答案
按热度按时间iecba09b1#
module（无论是Environment Modules还是Lmod）在启用的modulepath下查找作为目录的模块名称。因此，如果您启用的modulepath是/path/to/modulefiles，如果您尝试加载devel/ncurses，它将查看/path/to/modulefiles/devel/ncurses目录下的版本文件。由于easybuild生成的模块将依赖项定义为
ncurses，而不是all/ncurses或devel/ncurses，这意味着要启用的模块路径应该是/path/to/modulefiles/all或/path/to/modulefiles/devel。定位modulefile（4）手册页中的modulefile节提供了如何搜索模块的详细信息。这是环境模块的文档，但Lmod的机制非常相似。