您已经在\.?中设置了可选的小数点，如果您将其替换为\.，您将只得到带有小数点的数字：

import re

text = "        LComb_1_2_223  -4.00000000E+00  500000E+01  -1.09000000E-02  0.00000000E+00"
results = re.findall(pattern=r"[^\D][-+]?[0-9]*\.[0-9]+(?:[eE][-+]?[0-9]+)?", string=text)

print(results)  # ['4.00000000E+00', '1.09000000E-02', '0.00000000E+00']

字符串
编辑：基于你的评论，我把正则表达式改成了下面的，它在任何空格字符后面捕获一个组，有两个可选的组，小数和指数

import re
text = "        LComb_1_2_223  -4.00000000E+00  500000E+01  -1.09000000E-02  0.00000000E+00 233"
results = re.findall(pattern=r"\s([-+]?\d+(?:\.[0-9]+)?(?:[eE][-+]?\d+)?)", string=text)
print(results)  # ['-4.00000000E+00', '500000E+01', '-1.09000000E-02', '0.00000000E+00', '233']

型