看起来你链接的Bootstrap比你自己的CSS有更高的特异性。看看here，深入了解特异性。我可以通过将!important添加到背景色选项来使用您的属性。
编辑：这更像是一个级联的问题，因为类之间互相覆盖！很重要

body {
  font-size: 16px;
  color: black;
  background-color: #61122f;
  font-family: 'Oxygen', sans-serif;
}

#header-nav {
  background-color: #f6b319 !important;
  border-radius: 0;
  border: 0;
}

#logo-img {
  background: url("pngtree-coffee-time-png-image_3626459.jpg");
}

个字符

虽然我通常尽量避免使用!important，除非你必须，你可以添加到您的背景色，它将覆盖引导颜色。
似乎存在某种分层/特殊性问题。您使用的id的特异性值为1,0,0，Bootstrap使用的class的值为0,1,0。因此，这不仅仅是一个特异性问题，因为您的id是一个高特异性，应该覆盖他们的class。
了解有关Specificity的更多信息以及它是如何在MDN上实现calculated的。

**更新：**看起来这个问题是因为Bootstrap在他们的类上使用了!important。了解!important的工作原理和渲染方式：https://www.youtube.com/watch?v=dS123IXPcJ0。这是一个级联问题，其中两个不同的!important属性。

body {
  font-size: 16px;
  color: black;
  background-color: #61122f;
  font-family: 'Oxygen', sans-serif;
}

#header-nav {
  background-color: #f6b319 !important;
  border-radius: 0;
  border: 0;
}

#logo-img {
  background: url("pngtree-coffee-time-png-image_3626459.jpg")
}

个字符