FROM rocker/r-base
ENV PROJ_ROOT='/usr/local/src/renv_test'
ENV RENV_DIR='/usr/local/.renv/'
COPY . $PROJ_ROOT
# Copy the projects renv infrastructure to RENV_DIR and remove all traces of renv from PROJ_ROOT
RUN mkdir -p $RENV_DIR/renv/ && \
cp $PROJ_ROOT/renv.lock $RENV_DIR && \
cp $PROJ_ROOT/renv/activate.R $RENV_DIR/renv/ && \
echo "source('renv/activate.R')" >> $RENV_DIR/.Rprofile && \
cd $RENV_DIR && \
Rscript -e "renv::restore()" && \
cd $PROJ_ROOT && Rscript -e "renv::deactivate()" && \
rm -rf renv/ renv.lock
# Set RENV_DIR's restore library as the default library
RUN echo $(cd $RENV_DIR && Rscript -e "cat(paste0('R_LIBS=', renv::paths\$library()), sep = '\n')") >> $HOME/.Renviron
# Run any script from any directory as if you had 'renv activated'
CMD Rscript $PROJ_ROOT/test.R
3条答案
按热度按时间8dtrkrch1#
有几种方法:
1.确保工作目录设置为
renv
项目的根目录,并且renv项目的自动加载程序处于活动状态。(您可以通过在该项目中从R调用renv::activate()
来设置自动加载器。1.在脚本中,显式调用
renv::load("/path/to/project")
来加载请求的项目。如果这些方法都不足以解决问题,请在https://github.com/rstudio/renv/issues上提交问题。
2hh7jdfx2#
我最近遇到了类似的问题,但@kevin-ushey的答案是不够的。这是背景。我需要能够从任何目录运行
Rscript
(因为我有几个统计模型要从Docker文件中调用,所以当你有几个Rscript
调用的长文件时,强制Docker文件多次使用WORKDIR
太麻烦了。此外,其中一些模型在不同的bash文件中被调用多次,这使得在每次调用Rscript
之前将cd
添加到目录中变得很麻烦。我们需要类似于conda activate
的东西,任何Rscript
调用都将默认使用激活的“renv环境”,而不管你的工作目录是什么。这里有一个虚拟的例子:1.使用
install.packages('renv')
安装renv
。1.使用包含
beepr
库的虚拟脚本创建虚拟文件夹(仅出于示例目的),并初始化renv
环境:1.使用下面的代码创建一个Docker镜像:
以下是该方法的摘要:
renv
基础架构复制到一个单独的文件夹(此处为~/.renv/
),然后在此处恢复项目。renv
的痕迹(这样,如果出于某种原因,我们从这个项目的根目录执行脚本,我们就不会弄乱库的路径)。.Renviron
,使其包含~/.renv
中还原的库路径作为默认库。这确保了任何新的R会话将使用该库作为第一个选项。cd
或WORKDIR
(docker)到项目文件夹。如果你构建并运行之前的Docker镜像,你应该会得到一个成功声明,即使我们从来没有
cd
到项目文件夹:ldioqlga3#
我相信一个比以上答案更简单的方法:
它将从基本路径拾取renv环境。也可以使用项目参数指定环境。