有没有一种方法可以创建一个循环，我提供一个函数和 Dataframe ，并对它进行子采样，然后用子采样重复函数N次？

cdmah0mi 于 2023-09-27 发布在其他

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我不知道正确的词是什么，所以很抱歉把术语弄错了。基本上我有大约1000个数据点，我想随机对100个数据点进行999次子采样，并对每个子样本执行相同的函数（广义最小二乘模型），看看相关性有多显著。
我还添加了一些上下文，以防有帮助。我的数据是在一个数据框架与各种列，我正在做一个比较，如果有一个高度和二色性之间的关系，以及两者之间的关系是否有所不同，这取决于是否使用分光光度计或人类评分测量二色性。我还在这些模型中包括了物种范围的纬度质心，因此每个模型的PGLS如下所示：

PGLS_VO_Score <- gls(Colour_discriminability_Absolute ~ Altitude_Reported*Centroid.Abs, 
                          correlation = corPagel(1, phy = AvianTreeEdge, form = ~Species), 
                          data = VO_HumanScores_Merged, method = "ML")

PGLS_Human_Score <- gls(Human_Score ~ Altitude_Reported*Centroid.Abs, 
                        correlation = corPagel(1, phy = AvianTreeEdge, form = ~Species), 
                        data = VO_HumanScores_Merged, method = "ML")

VO_Human_Scores_Merged的数据框包括一列物种名称、人类评分、分光光度计评分、海拔、纬度，然后是这些数据的一些转换值（对数转换等），我在开始时确实这样做了，以防我需要转换数据以满足PGLS的假设。

来源：https://stackoverflow.com/questions/77073244/is-there-a-way-to-create-a-loop-where-i-provide-a-function-and-dataframe-and-sub

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按热度按时间

wnavrhmk1#

管道采样有助于查看此处可执行的操作：

myfun <- function(x) cor(x[[1]], x[[3]])
set.seed(42)
replicate(5, mtcars[sample(nrow(mtcars), 10),], simplify=FALSE) |>
  lapply(myfun)
# [[1]]
# [1] -0.8130999
# [[2]]
# [1] -0.8633841
# [[3]]
# [1] -0.7967049
# [[4]]
# [1] -0.901294
# [[5]]
# [1] -0.8761853

(My 5是你的999，我的10是你的100。
simplify=FALSE是必需的，因为否则replicate将减少到（嵌套）矩阵，而不是我们想要的。我的myfun是人为的，使用任何你想要的功能。
在管道中将其分解为两个（或更多）步骤的（可能是唯一的）优点是，如果您想返回重新访问随机采样，如果您保存随机采样，则会简单得多。比如说，

set.seed(42)
sampdat <- replicate(5, mtcars[sample(nrow(mtcars), 10),], simplify=FALSE)
lapply(sampdat, myfun)
# [[1]]
# [1] -0.8130999
# [[2]]
# [1] -0.8633841
# [[3]]
# [1] -0.7967049
# [[4]]
# [1] -0.901294
# [[5]]
# [1] -0.8761853

如果您后来意识到您需要对样本数据做一些其他的事情（另一个指标或其他什么），并且您不想（为了时间、内存或方便）重新运行所有其他的样本聚合，您可以重用sampdat。

赞(0）回复(0）举报 2023-09-27

cwtwac6a2#

您可以使用sample从数据点中随机抽取样本。然后你可以使用replicate运行你的函数n次。一个例子，取n=100的随机样本，并计算平均值10次：

> set.seed(1)
> datapoints <- runif(1000, max = 10000)
> result <- replicate(10, mean(sample(datapoints, 100)))
5194.298 5063.320 5064.992 4681.281 5008.011 4849.998 5320.206 5012.931 4900.636 4776.135

赞(0）回复(0）举报 2023-09-27

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有没有一种方法可以创建一个循环，我提供一个函数和 Dataframe ，并对它进行子采样，然后用子采样重复函数N次？

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