我决定硬编码我想做的事情，然后很快意识到它在Python中有一个非常简单的解决方案：

import csv

kmercount = "originalFile.tsv"
kmerout = "cleanFile.tsv"

with open(kmercount, "r") as file, open(kmerout, "w") as out:
    read = csv.reader(file, delimiter = "\t")
    writer = csv.writer(out, delimiter = "\t")

    for row in read:
        if row[1] != "1":
            writer.writerow(row)

这将读入原始文件，并将右列中不包含“1”的所有行写出到单独的文件中。我认为如果你使用pandas包，有一个更简单的解决方案，但这对我来说很有效。如果有人遇到这样的问题，请使用此脚本！

grep可以快速排除以1结尾的行。

grep -v " 1$" file.tsv > filteredFile.tsv

更复杂的文件可能有多个列和值，但您的文件应该可以使用这些。

您的数据看起来相当简单：列、选项卡和最后一列。您希望隐藏第二列（最后一列）中包含1的行。
你可以使用grep来匹配一个制表符（\t），后跟一个1，后跟一个行尾（$）的行，然后反转匹配（使用-v）：

grep -v '\t1$' input.tsv
AAAAAAAAAAAAAAAAAA  122363
GTCTGACATCTTACATGA  3
TTAAAAAAATTTTGCCTT  9
TTTTTTAGACGAAAACTA  30
GACTCCTGGTCACGTAAG  12
TGGTTTTTGTTTTGTAAT  58

如果您需要从命令行一致地操作CSV/TSV，我推荐使用合法的CSV工具，如csvkit或GoCSV。我真的不喜欢csvkit的所有选项，它要么覆盖其他选项或只是似乎不工作;它也是用Python写的，所以如果数据集很大，与GoCSV之类的东西相比，你可能会受到一些性能上的损失。在我看来，GoCSV真正继承了许多小工具的UNIX哲学，这些工具擅长做一件事，而且只做一件事。
GoCSV命令假设有一个标题行，因此您必须添加一个（仅用于处理）：

export GOCSV_DELIMITER="\t"
gocsv cap --default-name Col input.tsv
Col 1   Col 2
AAAAAAAAAAAAAAAAAA  122363
ATGCTGTATAGAATATAT  1
CAGCTCACTTAAACTTAA  1
GTCTGACATCTTACATGA  3
TGCCTTAACTTGTTATTA  1
GTGTTTGATGTCGTTGTC  1
TTAAAAAAATTTTGCCTT  9
GTCCTATAAGGCTTCCCT  1
CGGGTTGGGAAGCACACA  1
TTTTTTAGACGAAAACTA  30
GACTCCTGGTCACGTAAG  12
TGGTTTTTGTTTTGTAAT  58
TGTATAATGGACGTCGCA  1

然后将其导入过滤器，然后斩首（以去除中间头）：

gocsv cap --default-name Col input.tsv | gocsv filter -c 'Col 2' -eq 1 -exclude | gocsv behead

像grep一样，结果是流式的（在管道中），因此内存开销可以忽略不计。