这两段代码有两个明显的问题。
文件打开

$filename = 'ftp://user:p@s([email protected]/file.csv'; 
$handle = fopen($filename, "r") or die("Error");

这里，问题出在@上，正如您所猜测的那样，因为它在URL syntax中有意义（作为凭证和主机名之间的分隔符）。
您必须将URL-encode从@转换为%40：

$filename = 'ftp://user:p%40s([email protected]/file.csv';

您提到实际密码也有%。URL必须编码为%25。
FTP登录

$ftp_server = "ftp.myftp.url/file.csv";
$ftp_user = "user";
$ftp_pass = "p@s($word";
$conn_id = ftp_connect($ftp_server) or die("Could not connect to $ftp_server");
$login_result = ftp_login($ftp_server, $ftp_user, $ftp_pass) or die("Could not connect to 2");

这里，问题不是@，因为不涉及URL（%也不是问题）。这里，问题是$，因为您使用了双引号，所以$word被替换为（可能未定义的）变量word的值，实际上使密码仅为p@s(。
使用单引号避免$被解释为变量：

$ftp_pass = 'p@s($word';

或者用\转义$：

$ftp_pass = "p@s(\$word";

您应该将@（at）char替换为十六进制值。试试这个
@ -> %40, $ -> %24
$ftp_pass = "p%40s(%24word";