我有一个数据框,我正在使用reshape2
包dcast
,我想删除第一列,并将其改为数据框的行名称。dcast
之前的原始帧:
> corner(df)
ID_full gene cpm
1 S36-A1 DDX11L1 0
2 S36-A1 WASH7P 0
3 S36-A1 MIR1302-2 0
4 S36-A1 FAM138A 0
5 S36-A1 OR4F5 0
pivot
函数对表进行数据转换:
library(reshape2)
pivot <- function(x){
castTable <- x %>% dcast(ID_full ~ gene, value.var="cpm")
}
在dcast
之后, Package 在我的pivot
函数中:
> corner(df)
ID_full 1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF
1 S36-A1 0 0 0 0
2 S36-A10 0 0 0 0
3 S36-A11 0 0 0 0
4 S36-A12 0 0 0 0
5 S36-A2 0 0 0 0
我希望ID_full成为行名,并停止作为列存在,在dcasting
之后管道化。我可以在几行代码中完成此操作,每次替换 Dataframe ,但我想使用%>%
操作符完成所有操作。
我能想到的最好的尝试是这样的,但显然它不起作用:
library(dplyr)
df <- df %>% pivot(.) %>% with(., row.names=df[,1])
我很感激任何建议...这个讨厌鬼快把我逼疯了!
更新:
感谢您的回答:
这个表达式工作得很好:
df <- df %>% pivot(.) %>% `rownames<-`(.[,1]) %>% select(-ID_full)
> corner(df)
1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF A2M
S36-A1 0 0 0 0 0.00000
S36-A10 0 0 0 0 0.00000
S36-A11 0 0 0 0 0.00000
S36-A12 0 0 0 0 1.62189
S36-A2 0 0 0 0 1170.95000
4条答案
按热度按时间hm2xizp91#
在
tibble
的最新版本中,存在一个更优雅的解决方案:重要的是,当要转换为行名的列作为变量传递时,它也可以工作,这在函数内部非常方便!
nkkqxpd92#
这个可以吗?
8yparm6h3#
您可以使用
magrittr
别名set_rownames
:gorkyyrv4#