PyMuPDF（https://pymupdf.readthedocs.io/en/latest/）是我发现的唯一一个可以工作的Python库。
在基于Debian/Ubuntu的发行版中安装：

apt-get install python3-fitz

脚本：

import fitz
doc = fitz.open("example.pdf")
for i in range(doc.pageCount):
  page = doc[i]
  for annot in page.annots():
    print(annot.info["content"])

您是否尝试过PoDoFo或其他可以访问PDF元素的开源工具？如果您不想编程，也可以在stackoverflow上查看Extracting PDF annotations/comments here

Screenshot of how >>将注解导出为Excel文件，然后将其导入R？
例如：在PDF-X-change Editor中，转到comment > summarize comments > export，转换为您想要的任何格式。类似于Adobe。

您可以考虑从R调用Python包，如下所示：

library(reticulate)

conda_Env <- conda_list()

if(any(conda_Env[, 1] == "PyMuPDF") == FALSE)
{
  reticulate::conda_create(envname = "PyMuPDF", python_version = "3.7.16")
  reticulate::conda_install(envname = "PyMuPDF", packages = "PyMuPDF", pip = TRUE)
}

reticulate::use_condaenv(condaenv = "PyMuPDF")
path_To_PDF <- "C:/Annotated text.pdf"
fitz <- import("fitz")
doc <- fitz$open(path_To_PDF)
nb_Page <- doc$page_count
list_Comments <- list()
list_Highlights <- list()

##########################
#### Highlighted text ####
##########################
for(i in 1 : nb_Page)
{
  page <- doc[0]
  annots <- page$annots()
  list_Highlights[[i]] <- page$get_textbox(iter_next(annots)$rect)
}

########################
#### Commented text ####
########################
counter <- 1

for(i in 1 : nb_Page)
{
  page <- doc[0]
  annots <- page$annots()
  cond <- TRUE

  while(cond == TRUE)
  {
    content <- iter_next(annots)$info$content
    cond <- !is.null(content)
    list_Comments[[counter]] <- content
    counter <- counter + 1
  }
}