Go语言 Singularity 3.6.2安装

w8ntj3qf 于 2023-10-14 发布在 Go

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我在Linux mint中安装singularity 3.6.2时遇到问题，我按照https://sylabs.io/guides/3.0/user-guide/installation.html的说明操作。我安装了依赖项和Go。
然后运行命令安装最新版本：

export VERSION=3.6.2 && # adjust this as necessary \
mkdir -p $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-${VERSION}.tar.gz && \
tar -xzf singularity-${VERSION}.tar.gz && \
cd ./singularity && \
./mconfig

错误是：

Configuring for project `singularity' with languages: C, Golang
=> running pre-basechecks project specific checks ...
=> running base system checks ...
 checking: host C compiler... cc
 checking: host C++ compiler... c++
 checking: host Go compiler (at least version 1.13)... not found!
mconfig: could not complete configuration

Go（Go版本）

go version go1.15.2 linux/amd64

我不知道发生了什么事！太感谢你了！

来源：https://stackoverflow.com/questions/63865962/singularity-3-6-2-installation

4条答案

按热度按时间

sbtkgmzw1#

如果有人遇到此问题，请按照此安装guide。

sudo apt-get update && \
sudo apt-get install -y build-essential \
libseccomp-dev pkg-config squashfs-tools cryptsetup

sudo rm -r /usr/local/go

export VERSION=1.13.15 OS=linux ARCH=amd64  # change this as you need

wget -O /tmp/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz https://dl.google.com/go/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz && \
sudo tar -C /usr/local -xzf /tmp/go${VERSION}.${OS}-${ARCH}.tar.gz

echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc

curl -sfL https://install.goreleaser.com/github.com/golangci/golangci-lint.sh |
sh -s -- -b $(go env GOPATH)/bin v1.21.0

mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
cd singularity

git checkout v3.6.3

cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs/singularity && \
./mconfig && \
cd ./builddir && \
make && \
sudo make install

singularity version

赞(0）回复(0）举报 2023-10-14

u0sqgete2#

我也犯了同样的错误。所有的建议都说你可能有一个旧版本的Go，这就是为什么。但事实证明，将Go和Singularity放在正确的位置更重要。
我发现这些文档https://github.com/hpcng/singularity/blob/release-3.5/INSTALL.md是最有用和正确的关于在哪里把什么在目录方面。
关键是在GOPATH目录中克隆Singularity：
默认情况下，您不会拥有此目录，因此请先创建它

$ mkdir -p ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
  cd ${GOPATH}/src/github.com/sylabs && \
  git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
  cd singularity

确保你的奇点在这里：{GOPATH}/src/github.com/sylabs/singularity

总结如下：

Go本身位于此处/usr/local/go
GOPATH将类似于home/your_username/go，奇点将位于例如。home/your_username/go/src/github.com/sylabs/singularity

赞(0）回复(0）举报 2023-10-14

2vuwiymt3#

该问题在5099中报告。
# 5320还提到：
我删除了PPO Python 3.6，这工作得很好！
确保没有以root身份执行任何操作，因为root的$PATH与您当前的用户不同。

赞(0）回复(0）举报 2023-10-14

kg7wmglp4#

新手在这里，但我想通了（以我自己的方式）。打开终端，键入：去env，检查GOPROXY=？在我的案例中：GOPATH=/home/{$my_username}/go。没有名为go的目录（/home/{$my_username}/go不存在），我不知道为什么GO在安装时自动在env中设置PATH。
我试着使用“go env -w GOPATH=/my/actual/path/for/singularity”，然后系统告诉我“go env -w GOPATH=.不重写冲突的OS环境变量””。好吧，我投降。
所以，我只是“mkdir /home/{$my_username}/go”来创建目录GO迫使我：|和“cp singularity-ce-4.0.0.tar.gz”放入该目录，然后将其“tar”。
这一次我进入目录singularity-ce-4.0.0和“./mconfig”，它的工作。
这证实了上面的家伙说：“我正在与同样的错误作斗争。所有的建议都说你可能有一个旧版本的Go，这就是为什么。但事实证明，将Go和Singularity放在正确的位置更重要。

赞(0）回复(0）举报 2023-10-14

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