Git并不适合于此。原因是，每当您从存储库中获取时，您的.git/objects文件夹包含存储库中所有文件的所有更改。
如果你有选择的余地，我会将关注点分为Git submodules，它们是或多或少独立的git存储库，使用父项目（带有.gitmodules文件）链接在一起。
然后，您可以使用符号链接来创建您想要的目录结构。
举例来说：

mkdir parent-proj ; cd parent-project
git init
mkdir .my-git-root-folders
git submodule add https://example.com/child.git .my-git-root-folders/child
ln -s .my-git-root-folders/child/path/to/subfolder childmodule
git add childmodule
git commit -m 'Add and link child module'

在此之后，您可以像访问<child repo>/path/to/subfolder/some-file一样访问childmodule/some-file。
Git将跟踪符号链接。

脚注：

• • 除了浅克隆的情况，它只包括每个可访问的HEAD的最新修订版。然而，每个文件的状态仍然被记录。
    *不如果您的代码没有 * 专门 * 测试符号链接。
    *错误已知Windows有符号链接的问题;您甚至需要管理员访问权限才能创建它们。