我正尝试将U-Net多类分割程序应用于在QuPath中按肿瘤、正常、间质等几个组织区域类别进行注解的整张切片组织病理学明场图像。
参见多类注解示例（仅显示幻灯片的一小部分）：
我需要将QuPath注解带入单个完整载玻片二进制多通道PNG图像中，其中每个组织区域类别在相应通道中具有其掩码编码（用于载玻片中的所有区域/元素），此外还有一个背景通道注解所有未注解的像素。或者，我会有一个Python Numpy数组编码相同的注解，但这两种格式是可互换的。或者，注解的XML输出也应该工作。
问题是Python无法访问QuPath项目文件，而且QuPath groovy脚本关注的是tiles或单个ROI，而不是整个图像。
是否有一个现有的脚本执行这样的任务，或者你能建议如何达到这样做？
谢谢
1条答案
按热度按时间rks48beu1#
QuPath允许您使用GeoJSON格式的export patches。您可以直接使用python构建注解的掩码，方法是创建一个空的numpy数组，然后使用
from matplotlib.patches import Polygon使用导出的数据绘制多边形。要在python中加载整个幻灯片图像，请使用openslide python。
我猜你打算使用整个幻灯片图像的低分辨率版本，否则你将面临一些内存问题。因此，您可以拉出整个幻灯片图像的低分辨率图像，并缩小注解的numpy数组以匹配图像的尺寸。