我想写一个简单的nextflow管道，我将在一个工作多个任务一个接一个。
以下是我目前的档案：

// 1. Define the input directory
params.input_dir = "path1/path2/path3/Data"

// 2. Define the output directory
params.output_dir = "path1/path2/path3/Output"

// 3. Define the process using nextflow.enable.dsl=2

process RUN_KRAKEN2 {

    publishDir params.output_dir, mode: 'copy'

    // 3.2 Define the output file
    output:
    path("Kraken2_iterations.check")

    // 3.3 Define the script
    script:
    """
    echo "Making directory"
    mkdir -p ${params.output_dir}
    for (file in file("$params.input_dir").list()) { # for each file in params.input_dir
     if (file.endsWith(".m8")) { #if it ends with *.m8
         #then do this task
         task1
         #and finaly run this last task
         task2
     }

    """
}

// 4. Run the workflow
workflow {
    RUN_KRAKEN2()
}

但这段代码中有一些问题。我真的是Nextflow的新手，尤其是Groovy。我试图对每一行进行评论，以解释我想要实现的目标。如果有人能正确地编写代码，那将是惊人的。
此外，正如你所看到的，我定义了一个名为“Kraken2_iterations.check”的输出文件。我想在脚本结束时创建这样一个文件，在处理完每个*.m8文件之后。有人有主意吗？我已经想到使用变量' n=0 '，然后在每次迭代中将' n '递增1。然后，我可以使用像'if n < count(files ending with *.m8) '这样的' if '语句，但我不确定如何在Groovy中实现它。