存在多个问题：

• 令牌指针数组的定义长度为MAX_LINE_LEN，这有点令人困惑。使用一个更有说服力的名称，如MAX_TOKEN_COUNT。类似地，如果MAX_LINE_LEN是最大行长度，则输入缓冲区应该至少有2个额外的字节用于换行符和空终止符。
• 必须为每个标记分配内存，否则所有标记指针都指向输入缓冲区中的位置，导致观察到的错误输出。
• 你应该把初始索引传递给附加标记的地方和数组长度，以避免写入超出其边界。

以下是修改后的版本：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

#define MAX_LINE_LEN 1000
#define MAX_TOKEN_COUNT 1000

const char delimiter[] = " \t\r\n\v\f";

size_t tokenize(char *str, char *ret[], size_t i, size_t n) {
    char *ptr;
    while (i < n && (ptr = strtok(str, delimiter)) != NULL) {
        ret[i] = strdup(ptr);
        i++;
        str = NULL;
    }
    return i;
}

int main(void) {
    char line[MAX_LINE_LEN + 2];
    char *temparr[MAX_TOKEN_COUNT];
    size_t n = 0;

    while (fgets(line, sizeof(line), stdin)) {
        n = tokenize(line, temparr, n, MAX_TOKEN_COUNT);
    }

    for (size_t i = 0; i < n; i++) {
        printf("%s\n", temparr[i]);
    }
    for (size_t i = 0; i < n; i++) {
        free(temparr[i]);
    }
    return 0;
}

不能对多行输入使用同一个缓冲区。缓冲区将被每一个新的输入行覆盖，使以前分配的指针无效。您需要定义一个有限的缓冲区集合（有限），或者使用“堆存储”。
对C语言不熟悉？也许对“动态内存”的概念不熟悉。
其目标似乎是“缓冲”来自stdin的输入，直到达到最大值。您可以简单地累积所有输入并仅在最后进行 tokenise：

#include <stdio.h>
#include <string.h>

#define MAX_LINE_LEN 1000

int main(void) {
    char line[MAX_LINE_LEN]; // a single input buffer
    char *lines = NULL;
    size_t current = 0;

    while( fgets( line, sizeof line, stdin ) ) {
        size_t len = strlen( line );
        char *p = realloc( lines, current + len + 1 ); // growing storage of text input
        if( p == NULL ) {
            fprintf( stderr, "realloc failed\n" );
            exit( EXIT_FAILURE );
        }
        lines = p; // update to point to grown block
        memcpy( lines + current, line, len ); // preserve this line of input
        current += len; // adjust offset to keep track of end
    }
    if( lines == NULL ) // Nothing entered?
        return 0;

    lines[ current ] = '\0'; // terminate making entire block a single C string

    // Below is a "tokenising" mill growing an array of pointers as needed.
    const char delimiter[] = " \t\r\n\v\f";
    char *pArr = NULL;
    size_t i = 0;
    for( char *cp = lines; ( cp = strtok( cp, delimiter ) ) != NULL; cp = NULL ) {
        char **p = realloc( pArr, (i + 2) * sizeof *p ); // notice "+ 2" for NULL also
        if( p == NULL ) {
            fprintf( stderr, "realloc failed\n" );
            exit( EXIT_FAILURE );
        }
        pArr = p;
        pArr[ i++ ] = cp; // store this token
    }
    if( pArr == NULL ) { // Mischievous user entered ONLY whitespace!!
        free( lines );
        return 0;
    }

    pArr[ i++ ] = NULL; // terminate array of pointers with a NULL.

    for( i = 0; pArr[i]; i++ ) // Loop outputting tokens until NULL (end)
        puts( pArr[i] );

    free( pArr ); // release array of ptrs
    free( lines ); // release buffer of text

    return 0;
}

这应该是不言自明的。如果有什么不明白的，请在下面的评论中提问。
“* 其他选择是什么？* ”
strtok()适合这样的简单应用程序。它的弟弟strtok_r()在内部不维护标记化的状态。strtok_r()应该在多线程应用程序中使用，或者当你想对字符串进行“子标记化”时使用。例如，您可以对'\n'进行标记，以便从缓冲区中一次提取一个句子，然后使用其他空格字符对该句子中的每个单词进行标记。
另一种选择是开发自己的strtok()版本，可能使用strspn()和strcspn()来快速定位字符串。这样做可以让您决定是否要像strtok()那样 clobber 分隔符。
注意：strtok()将连续的分隔符视为单个示例。它不会返回指向空字符串的指针。“a，B，c”将被视为“a，B，c”。
作业：重构这个函数，将“输入”、“标记化”和“打印”分离到它们自己的函数中，并使用适当的参数和返回值。