正如注解中提到的，您需要在链接二进制文件的规则中指定.o文件在目录中，并且编译.c文件的规则需要指定输出文件（在目录中）。
你还有些其他奇怪的东西。run依赖于一个名为myprogram的文件，该文件永远不会存在，并运行一个名为myprogram.out的命令。
同样，您有一个规则，声称要构建一个名为myprogram的文件，但实际上构建了一个名为myprogram.out的文件。
这些可能会导致你的代码被不必要地重新编译（或重新链接）。每个规则都应该构建它声称要构建的文件。所以你可能想要这样的东西：

OBJDIR = myObj

run:    myprogram
        ./myprogram

myprogram: $(OBJDIR)/main.o $(OBJDIR)/otherfile.o
    gcc -o $@ $^

$(OBJDIR)/%.o : %.c | $(OBJDIR)
    gcc -c $^ -o $@

$(OBJDIR):
    mkdir $@

我已经修复了这些错误，并将你的makefile扩展为一个最小的变体：

# Disable built-in rules.
# Group the output by target when doing parallel builds.
MAKEFLAGS += -r -Otarget

# The source files.
SOURCES := main.c otherfile.c

# The object directory.
OBJDIR := myObj

# The object files.
OBJECTS := $(patsubst %,$(OBJDIR)/%.o,$(SOURCES))

# Create the object directory.
$(OBJDIR):
    mkdir -p $@

# Create the object files.
$(OBJDIR)/%.o: % | $(OBJDIR)
    $(COMPILE.c) $< -o $@ -MMD -MP

# Set linking the program as the default target.
.DEFAULT_GOAL := myprogram
# Link the program.
myprogram: $(OBJECTS)
    $(LINK.c) $^ -o $@

# Indicate that the `run` target doesn't generate a file literally named `run`.
.PHONY: run

# Run the program.
run: myprogram
    ./myprogram

# Include the `.d` files.
-include $(OBJECTS:.o=.d)

我所做的改变：

• 确保每个目标都以它生成的文件命名（如果它不生成文件，则标记为.PHONY，如run）。这可确保在不必要时不会重新生成最新文件。
• 要在源文件包含的标头更改时自动重新生成源文件，请执行以下操作：
• 添加-MMD -MP到GCC标志，以生成.d文件和.o文件。
• 添加了-include以包含这些文件。
• 如果缺少myObj目录，则会自动创建该目录。
• 目标现在使用魔术变量$@（输出文件名），$<（第一个先决条件），$^（所有先决条件），而不是硬编码的文件名。
• MAKEFLAGS被修改为禁用内置规则，并在并行编译期间产生正常的输出。
• gcc -c被替换为$(COMPILE.c)，并且对于链接，gcc被替换为$(LINK.c)。这允许您使用一些预定义的环境或Make变量（CC用于编译器，CFLAGS用于标志等）更改编译器及其标志。（感谢@TobySpeight）
• 为清晰起见，对象文件名是从源文件名自动生成的。
• 变量赋值使用:=而不是=（微优化，每次使用时都不重新计算）。
• 对象文件名包括原始扩展名（.c），以避免将来添加.cpp文件时.c和.cpp文件之间的名称冲突。