我觉得你差点就成功了...我做了检查--下面的工作对我来说。

awk -F '\t' 'BEGIN { split("", a) } NR == FNR { a[$0] = 1; next } $5 in a' file1 file2

结果（示例中的输出与file 2不一致）：

chr22   38035683    38052050    NM_018957   AAMDC   +
chrX    47001614    47004609    NM_019056   AAMP    -
chr9    21994789    22077889    NR_047539   AAR2    +
chr16   20370491    20416033    NM_174924   AARD    -
chr1    210111518   210337633   NM_001146262    AARS    +

可能是财政司司长出了问题，我想...您可以尝试让FS同时命中空格和制表符，并尝试从混乱中删除任何不可见和不可打印的字符？

awk -F '[[:blank:]]+' '
    BEGIN { split("", a) }
    NR == FNR {
        gsub(/[^[:graph:]]/, "")
        a[$0] = 1
        next
    }
    {
        p = $5
        gsub(/[^[:graph:]]/, "", p)
    }
    p in a' file1 file2

从file1读入关联数组。然后读取file2，并为每一行查找匹配项。

$ awk 'BEGIN{while(getline line<"file1") {x[line]="1";}} {for (i=1;i<=NF;i++) if(x[$i]) {print; break} }' file2
chr22   38035683    38052050    NM_018957   AAMDC   +
chrX    47001614    47004609    NM_019056   AAMP    -
chr9    21994789    22077889    NR_047539   AAR2    +
chr16   20370491    20416033    NM_174924   AARD    -
chr1    210111518   210337633   NM_001146262    AARS    +

我将您的示例内容复制到“file1”和“file2”中，并将以下内容写入“script.awk”

BEGIN{
    while(getline < "file1") {
        a[$1]=1
    }
    close("file1")
} 
{
    if($5 in a){
        print
    }
}

运行

gawk -f script.awk file2

结果是

chr22   38035683    38052050    NM_018957   AAMDC   +
chrX    47001614    47004609    NM_019056   AAMP    -
chr9    21994789    22077889    NR_047539   AAR2    +
chr16   20370491    20416033    NM_174924   AARD    -
chr1    210111518   210337633   NM_001146262    AARS    +

在我的理解中，这是正确的。请检查一下。

检查您的文件是否有您期望的文件夹。
我复制/粘贴您的数据，并获得成功，

awk 'NR==FNR{hit[$1];next} $5 in hit' file1 file2

但没有一个

awk -F $'\t' 'NR==FNR{hit[$1];next} $5 in hit' file1 file2

我打开文件，用制表符替换所有连续的空格，然后再次运行它，两者都是一样的。
有时候，太多的细节会适得其反。

如果您的文件可能不是以制表符分隔的，那么您可以使用sed将空格和制表符替换为单个制表符。这假设数据中没有空格：

sed -i .bak 's/[[:space:]][[:space:]]*/\t/g' file

一旦你有了这个命令，你可以使用Unix join命令：

join -t $'\t' -1 1 -2 5 -o "2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6" <(sort file_1) <(sort -k5,5 file_2)

需要在连接字段中对文件进行排序。如果已按该字段排序，则不需要排序。
或者，这个awk工作：

awk -F '\t' 'FNR==NR{tag[$1]; next} $5 in tag' file_1 file_2

Join的优点是可以处理比内存大的文件。awk不需要排序，如果你有足够的内存，它可能会更快。
或者（使用您的两个输入示例）打印：

chr22   38035683    38052050    NM_018957   AAMDC   +
chrX    47001614    47004609    NM_019056   AAMP    -
chr9    21994789    22077889    NR_047539   AAR2    +
chr16   20370491    20416033    NM_174924   AARD    -
chr1    210111518   210337633   NM_001146262    AARS    +