你的时间精确到微秒。因此，您或多或少处于正确的轨道上，但需要指定正确的日期格式。
样本代码：

endDatetime="12:53:12.846539"
startDatetime="12:53:12.219691"

endDatetimeMicros=$(date -d $endDatetime "+%s%6N")
startDatetimeMicros=$(date -d $startDatetime "+%s%6N")

result=$((endDatetimeMicros - startDatetimeMicros))

echo $result

以微秒为单位的差异：626848
要在bash中将微秒转换为秒，这是一个有用的printf命令：

printf "%.3f\n" $(bc <<< "scale=3; $result / 1000000")

我会使用shell工具做什么：

printf '%s\n' "$endDatetime" "$startDatetime" |
    xargs -I{} date -d "{}" "+%s%N" |
    paste -sd '-' | bc

%N是纳秒。

输出

626848000

使用基本的UNIX工具计算时差并没有什么好办法。涉及日期的计算很容易在闰年和闰秒等情况下变得棘手，最好使用适当的编程库，这些库显式构建以处理所有这些复杂性。
你可以用Python来做这件事，希望它仍然福尔斯你对“Linux工具”的定义。
这个Python一行程序以示例中的格式获取开始和结束时间，并以 * 秒 * 为单位打印它们的差值：
python3 -c 'import sys; _, start, end = sys.argv; from datetime import datetime; format = "%H:%M:%S.%f"; delta = datetime.strptime(end, format) - datetime.strptime(start, format); print(delta.microseconds)' "12:53:12.219691" "12:53:12.846539"
输出是一个不起眼的0，因为在发布的例子中的差异小于一秒。
您可能希望通过将print(delta.microseconds)更改为print(f"{delta.seconds}.{delta.microseconds}")来打印秒 * 和 * 微秒。
要以其他格式或其他详细信息打印，请调整print语句。