zip和gzip所使用的deflate格式本身具有1032：1的最大压缩比。接近你得到的。
你可以做的一件事就是再次压缩它。我用gzip压缩了你的输出，结果是15822字节。事实上，它可以用gzip压缩到639字节。你只需要重复这么多次就可以恢复它。（你可以检查gzip头文件，如果有，就删除它，重复这个过程直到没有gzip头文件为止。然后进行npz解压缩和提取。）

例如，可以使用lzma：

import numpy as np
import lzma

a = np.ones((10_000_000_000), dtype='u1')
with lzma.open('a-lzma', mode='wb') as f:
    np.savez(f, a=a)

或双重压缩灵感来自Mark：

with lzma.open('a-zip-lzma', mode='wb') as f:
    np.savez_compressed(f, a=a)

对于大小为1_000_000_000（我没有10 GB的内存），我按您的方式获得972 KB，lzma获得145 KB，双压缩获得0.5 KB。
显然，这两种压缩都没有兴趣绝对优化这种人为的极端情况，* 以牺牲实际情况 *（或以牺牲算法简单性或其他任何缺点为代价）。关键是这不是免费的。***你最好用你的实际数据进行测试（如果你提供了代码生成的数据对你来说是现实的，我也可以更新我的结果）。

更新：bz2使用savez生成938字节，使用savez_compressed生成485字节。但现在我将停止压缩这个人造的箱子。好的，再来一个：zstd分别产生31 KB和388字节。