numpy 如何从CT图像的3D堆叠中提取3D子体积

oyxsuwqo  于 2023-10-19  发布在  其他
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我有一个三维CT扫描图像的数据集。原始格式,它的尺寸是(1000,1000,512),在阅读三维图像后,我得到了一个数组(1000,1000,500),现在我想提取几个三维子体积(例如100^3),绘制和分割图像。我想知道提取3d子卷的正确方法是什么。谢谢
我试过使用meshgrid,但我没有得到很好的结果

mzmfm0qo

mzmfm0qo1#

假设您使用numpy(因为您提到了meshgrid),并假设您在形状为(1000, 1000, 512)的数组中拥有3D数据,您可以通过正常切片选择子体积。

import numpy as np

# toy data
data = np.arange(27).reshape((3, 3, 3))

if __name__ == '__main__':
    print(data)
    # first two on x axis,
    # last two on y axis,
    # everything on z axis
    sub_vol = data[:2, 1:, :]
    print(sub_vol)

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