我想使用Python读取.mtx文件。.mtx文件由Abaqus生成，看起来像这样：
1,1, 1,1, 1.939258533333333e-02
1,2, 1,2, 1.939258533333333e-02
2,1, 2,1, 1.889629366666666e-02看起来scipy.io.mmread可以工作，但是当我运行以下代码时：
import scipy.io
with open(abs_file_path) as mass_file:
otpt = scipy.io.mmread(mass_file)我得到以下错误：
Traceback (most recent call last):
File "./test_read_mass_mtx.py", line 12, in <module>
read_mass(file_path)
File "/home/user/Desktop/Temp/python/data_functions/read_mass_mtx.py", line 6, in read_mass
otpt = scipy.io.mmread(mass_file)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 76, in mmread
return MMFile().read(source)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 414, in read
self._parse_header(stream)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 478, in _parse_header
self.__class__.info(stream)
File "/home/user/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/scipy/io/mmio.py", line 232, in info
[asstr(part.strip()) for part in line.split()]
ValueError: not enough values to unpack (expected 5, got 3)谢谢你，谢谢
2条答案
按热度按时间2g32fytz1#
Abaqus和SciPy对Matrix Market文件应该是什么样子的意见不一。
导致你的错误的第一个问题是SciPy期望每列之间有空格，因此你的“expected 5，got 3”错误。手动更改示例输入以包含空格：
错误将更改为
这对我来说是有意义的，因为the docs of
mmread表示返回值为密集或稀疏矩阵取决于矩阵市场文件中的矩阵格式。
这可能意味着至少有一些元数据（头？）从文件中丢失，使其不标准。所以要么
1.该文件不是一个正确的.mtx文件，或
无论哪种方式，您都可能需要自己解析文件。如果您知道前四列的意思，那么您可能可以使用
numpy.loadtxt或类似的东西轻松解析它。lf3rwulv2#
scipy遵循NIST矩阵市场https://math.nist.gov/MatrixMarket/的格式
当从Abaqus转储矩阵时，您必须在
*MATRIX OUTPUT上包含Format=Coordinate，这可能也是一个好主意，可以查看*MATRIX GENERATE的其他选项，如ELSET=FOO来控制矩阵数据。这将得到一个3列文件，定义一个稀疏矩阵，其中列为：
在此之后，您必须采取附加步骤，在文件中添加一些信息
第一行定义了nist mtx文件的类型
NIST中记录了复值矩阵和对称矩阵的其他选项。
要添加的第二行定义了矩阵大小
#ofentries是abaqus生成的文件中的原始行数。nrows和ncols都可能是模型中节点数乘以活动自由度数，但是MPC和其他东西可以改变这一点。如果你有一个4x4矩阵，有两个非零元素，像这样，
文件会从abaqus中出来，
你编辑的mtx文件看起来像
最后，scipy将其作为稀疏矩阵导入，因此您可能需要利用scipy.sparse.linalg来处理它