MSDN有助于回答这个问题：
您可以使用file属性指定一个配置文件，该文件提供附加设置或重写在appSettings元素中指定的设置。可以在源代码管理团队开发方案中使用file属性，例如当用户希望重写在应用程序配置文件中指定的项目设置时。在file属性中指定的配置文件必须将appSettings元素而不是configuration元素作为根节点。
因此，general.config中的设置将覆盖app.config中的项。这与您想要的相反（让app.config项覆盖general.config项）。你将不得不用C#代码来解决这个问题（它将不可避免地看起来很丑）。

您使用file属性加载公共设置，并期望直接添加到<appSettings>元素的键将覆盖这些公共设置，这是可以理解的，但不幸的是，这不是它的工作方式。
微软的意图是让file属性加载覆盖单个应用程序设置的公共设置。
Microsoft Documentation中对此进行了详细讨论
为了克服这个问题，我们偶尔会在公共文件中声明基本设置，然后在应用程序配置中适当地命名重写。然而，这确实需要额外的代码，这是一个有点丑陋。例如

var config = ConfigurationManager.AppSettings["MSG_QUEUE_PROVIDER_OVERRIDE"]
    ?? ConfigurationManager.AppSettings["MSG_QUEUE_PROVIDER"]
    ?? "ActiveMQ";

<appSettings file="common.config"> 
    <!-- Override the common values -->
    <add key="MSG_QUEUE_PROVIDER_OVERRIDE" value="RabbitMQ"/>
</appSettings>

子文件中的元素发生了变化，我的意思是，当前您的app.config是父文件，值被General.config中现有的值替换
由于你在父文件中使用了remove，它的有效作用是删除你在app.config中指定的元素，但之后来自general.config的元素被推入。现在说在General.config中，你说删除app.config上的mykey3，你会看到最终的集合没有mykey3这样的键。
简而言之，这是行不通的。希望这对你有帮助。

你可以添加另一个配置文件，比如Test.xml。

<appSettings>
   <add key="mykey1" value="New value"/>
</appSettings>

在app.config中，appsettings部分将如下所示：

<appSettings file="Test.config">
   <add key="mykey1" value="myvalue1"/>
</appSettings>