看起来node-sqlite3现在支持备份API（请参阅this test file）。不幸的是，API Documentation自2017年以来一直没有更新，所以很容易错过。
看起来最简单的方法是：

var backup = db.backup('test/tmp/backup.db');
        backup.step(-1, function(err) {
            if (err) throw err;
            backup.finish(function(err) {
                if (err) throw err;
                // It finished!
            });
        });

注意：最近推荐better-sqlite3

更好的是，sqlite3有它的备份API的文档！
那么简单

db.backup(`my-backup.db`)
  .then(() => {
    console.log('backup complete!');
  })
  .catch((err) => {
    console.log('backup failed:', err);
  });

在2016年，using the backup API是唯一的方法。Node.js没有实现这个API。看看Jared的回答。
无论如何，只要使用一个普通的磁盘数据库。您可以使用PRAGMA synchronous = OFF使其与内存中的数据库一样不安全。