我终于找到了答案。与cobbal的答案类似，它调用了AppleScript，但由于它是我打开的唯一窗口，并且我想运行我的脚本作为快速打开和关闭操作，这种更野蛮的方法对我来说很好。
在“.command”脚本本身中，“...将这一行添加到脚本的末尾”

osascript -e 'tell application "Terminal" to quit' &
exit

SOURCE：WANG JING

这对我来说很完美。它只是关闭执行窗口，而其他终端窗口则打开
只需打开终端，然后转到终端>首选项>设置> shell ：>当shell退出时：->如果shell干净地退出则关闭
然后就加上退出;在你档案的最后

使用“终端>首选项>设置> shell ：>当shell退出时：-> Close if the shell exited cleanly'选项，但是

exit 0

作为命令文件的最后一行。这确保了脚本确实“干净地退出”--否则，如果前一个命令没有返回成功，那么窗口将不会关闭。

除了必须使用上面的AppleScript解决方案之外，这是唯一一个可以工作的shell脚本解决方案（exit没有），即使突然，对我来说（在OS X 10.9中测试）：

...
echo "$l" done
done

killall Terminal

当然，这将杀死所有正在运行的终端示例，因此如果您在启动脚本之前正在处理终端窗口，它也将被终止。幸运的是，重新启动Terminal可以让您进入“已恢复”状态，但是，这必须仅在边缘情况下考虑，而不是作为一个干净的解决方案。

在终端应用程序中有一个设置。不幸的是，它是相对于所有终端窗口的，而不仅仅是那些通过.command文件启动的窗口。

你可以使用一些applescript hacking：

tell application "Terminal"
    repeat with i from 1 to number of windows
        if (number of (tabs of (item i of windows) whose tty is "/dev/ttys002")) is not 0 then
            close item i of windows
            exit repeat
        end if
    end repeat
end tell

将/dev/ttys002替换为tty

我在脚本中使用以下命令
退出-n终端
当然，你必须将终端设置为在关闭前从不提示。

这种组合的答案对我来说是最好的。我正在使用iTerm2，所以我没有退出整个终端程序的问题。
将终端“关闭前询问”设置为never
Terminal > Settings > Profiles tab > Shell > Ask before closing: never
我添加了一个命令来关闭当前的终端窗口，命令+ w。否则，在每次运行.command文件后，将恢复上一个终端窗口。
终端需要有发送击键的权限。终端应该要求添加此权限，或者您可以在macOS settings > privacy & security > accessibility > Terminal中手动启用它

#!/bin/bash

# ... add your code here ...

# Close the current terminal window with Command + w
osascript -e "tell application \"System Events\" to keystroke \"w\" using command down"

# Close terminal app
osascript -e 'tell application "Terminal" to quit' &
exit

从接受的答案：有人能解释一下为什么没有“在后台运行”选项&就不能很好地工作吗？