shell Docker build看不到现有的bash脚本，无法运行

1tuwyuhd 于 12个月前发布在 Shell

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我正在尝试为一个名为DECoN（versin 2.0.0）的工具构建一个Docker容器。为此，我正在执行以下步骤：
1.启动FROM最新的bash镜像

RUN下载该工具的源代码并将其解压缩
1.将WORKDIR设置为工具的./Linux值
RUN在Linux操作系统中找到的 * 现有 * setup.sh脚本。

# syntax=docker/dockerfile:1

# start from a bash image 
FROM bash:latest

# download files 
RUN wget https://github.com/RahmanTeam/DECoN/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz && \
    tar -xf v2.0.0.tar.gz

# go to directory 
WORKDIR DECoN-2.0.0/Linux

# run setup script 
RUN setup.sh

# check directory content 
RUN ls

您可以看到最后一个RUN ls的脚本的存在。但是，没有找到该脚本，并且docker build返回以下错误：

docker build -t decon:2.0.0 .

...

/bin/sh: setup.sh: not found
The command '/bin/sh -c setup.sh' returned a non-zero code: 127

你知道我哪里做错了吗？我不明白为什么找不到剧本。我试过setup.sh，./setup.sh，/DECoN-2.0.0/Linux/setup.sh，但没有工作。
编辑#1：这是bash脚本的内容：

#!/bin/bash

Rscript sessionInfo.R > setup.log 2>&1

shell

来源：https://stackoverflow.com/questions/76959096/docker-build-does-not-see-existing-bash-script-and-cant-run-it

2条答案

按热度按时间

pprl5pva1#

要调试此类问题，请运行基本映像并在提示符下手动执行Dockerfile的命令：

docker run -it --rm bash:latest
wget https://github.com/RahmanTeam/DECoN/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz
tar -xf v2.0.0.tar.gz
cd DECoN-2.0.0/Linux
./setup.sh

最后一行失败是因为，正如您所注意到的，它运行的Rscript在您的（非常小的）基础映像中不存在。Rscript属于R语言，所以我再次尝试使用official R base image：

docker run -it --rm r-base:latest bash
wget https://github.com/RahmanTeam/DECoN/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz
tar -xf v2.0.0.tar.gz
cd DECoN-2.0.0/Linux
./setup.sh

这一次，脚本运行并创建以下setup.log：

# Bootstrapping renv 0.15.4 --------------------------------------------------
* Downloading renv 0.15.4 ... OK
* Installing renv 0.15.4 ... Done!
* Successfully installed and loaded renv 0.15.4.
Error: package 'BiocManager' is not available
In addition: Warning messages:
1: This project is configured to use R version '4.2.0', but '4.3.1' is currently being used.
2: could not retrieve available packages for url 'https://cran.ma.imperial.ac.uk/src/contrib'
Traceback (most recent calls last):
20: source("renv/activate.R")
19: withVisible(eval(ei, envir))
18: eval(ei, envir)
17: eval(ei, envir)
16: local(...)
15: eval.parent(substitute(eval(quote(expr), envir)))
14: eval(expr, p)
13: eval(expr, p)
12: eval(quote(...), new.env())
11: eval(quote(...), new.env())
10: renv::load()
 9: renv_load_bioconductor(project, lockfile$Bioconductor)
 8: renv_bioconductor_init()
 7: renv_bioconductor_init_biocmanager()
 6: install("BiocManager")
 5: retrieve(names(remotes))
 4: handler(package, renv_retrieve_impl(package))
 3: renv_retrieve_impl(package)
 2: stopf("package '%s' is not available", package)
 1: stop(sprintf(fmt, ...), call. = call.)
Execution halted

关于错误的R版本的警告可以通过使用r-base:4.2.0而不是r-base:latest来避免（建议安全），但错误消息package 'BiocManager' is not available仍然存在。
日志中引用的URL仍然有效，BiocManager是必须安装在R中的包。由于我不是R语言的Maven，我在这里停止我的分析，希望它能有所帮助。

**更新：**在Docker Hub中搜索，我发现了一些现成的镜像在Dockerfile中引用了RahmanTeam/DECoN：

这一个显式安装BiocManager：

https://hub.docker.com/r/euformatics/decon/tags

其他图像可能存在。

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sf6xfgos2#

RUN ./setup.sh是在当前WORKPERT中运行shell脚本的正确方法。如果脚本在路径上，则只能使用RUN setup.sh。
ls -al将确认文件是否具有相应用户的r-x权限。否则，您将需要RUN chmod +x setup.sh来确保它可以执行。
1.由于您使用的是bash:latest，因此脚本不太可能引用一个不存在的shell，但是如果.sh文件的第一行引用了一个不存在的shell，它将返回一个错误。如果#!/bin/ash，则确保ash实际存在。
1.同样，由于您是在容器中下载和解压缩，这是不可能的，但如果zip文件已在Windows计算机上处理，则.sh文件中可能有CRLF行结尾。由于Linux只识别LF，这意味着它将#!/bin/bash<CR><LF>处理为执行不存在的shell /bin/bash<CR>的指令。下载文件并在编辑器（VSCode）中检查它，它可以告诉您结束样式。

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