RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php [L,QSA]

要将所有未Map到物理文件或Map到/uploads目录中的.pdf文件的请求重写为index.php，则基本上只需在上述规则中添加一个额外的OR 'd条件。
举例来说：

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/uploads/[^/]+\.pdf$ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^ index.php [L]

因此，上面指出，任何形式为/uploads/<file>.pdf的请求（无论.pdf文件是否存在）OR，如果没有Map到物理对象，则会重写为index.php。
如果您希望通过index.php重写/uploads目录中的 * 所有内容 *，则只需将正则表达式从^/uploads/[^/]+\.pdf$更改为^/uploads/。
我还简化了RewriteRule指令中的正则表达式（并使其更有效）（因为您不需要匹配和捕获所有内容），并且QSA标志在这里是多余的。

更新：

它是如何可能与文件，这是在上传文件夹的子文件夹？
您可以在前面的条件（RewriteCond指令）中调整正则表达式。例如.

• 上传文件夹的特定子文件夹：

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/uploads/subfolder/[^/]+\.pdf$ [OR]
:

• 上传文件夹的任何子文件夹：

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/uploads/[^/]+/[^/]+\.pdf$ [OR]
:

• /uploads文件夹下的任何.pdf文件（包括任何子文件夹）：

RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/uploads/.+\.pdf$ [OR]
:

有关正则表达式（regex）的详细信息，请参阅以下问题：
Reference - What does this regex mean?