$mapcustomfields先到一个k-v元组数组。然后，$mergeObjects用$$ROOT对象得到最终对象。$unset现在没用的自定义字段和$merge用id更新回文档。

db.collection.aggregate([
  {
    "$match": {
      "id": 119
    }
  },
  {
    "$set": {
      "customfields": {
        "$arrayToObject": {
          "$map": {
            "input": "$customfields",
            "as": "cf",
            "in": {
              "k": "$$cf.type",
              "v": "$$cf.value"
            }
          }
        }
      }
    }
  },
  {
    "$replaceRoot": {
      "newRoot": {
        "$mergeObjects": [
          "$$ROOT",
          "$customfields"
        ]
      }
    }
  },
  {
    "$unset": "customfields"
  },
  {
    "$merge": {
      "into": "collection",
      "on": "id"
    }
  }
])

字符串
Mongo Playground

下面是另一种使用"$reduce"重建文档的方法。

db.collection.update({
  "id": 119
},
[
  {
    "$set": {
      "newRoot": {
        "$reduce": {
          "input": "$customfields",
          "initialValue": {
            "id": "$id"
          },
          "in": {
            "$mergeObjects": [
              "$$value",
              {
                "$arrayToObject": [
                  [
                    {
                      "k": "$$this.type",
                      "v": "$$this.value"
                    }
                  ]
                ]
              }
            ]
          }
        }
      }
    }
  },
  {"$replaceWith": "$newRoot"}
])

字符串
在mongoplayground.net上试试。